如何完全删除HDF5？

我想运行一个使用netCDF4模块的Python脚本。因此我遵循了这里的说明： http://netcdf4-python.googlecode.com/svn/trunk/docs/netCDF4-module.html

出于什么原因，它不适用于我安装的HDF5版本。我在我的主目录中安装了最新版本（1.8.10）。但是Python带有这个错误：

$ import netCDF4
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
/user/timo/<ipython-input-2-f731da2de255> in <module>()
----> 1 import netCDF4
/user/timo/netCDF4.pyx in init netCDF4 (netCDF4.c:46771)()
ImportError: netCDF4 module must be linked against HDF5 version 1.8.4-patch1 or higher, got 1.8.10

所以我从我的家庭目录中删除了1.8.10版本（手动）的文件夹并安装了1.8.4-patch1。 （也许'.10'版本不兼容？）

但这并没有解决问题。运行Python脚本时的错误仍然相同。这就是为什么我认为必须有某些'.10'版本我没有删除的东西，所以我搜索'hdf5'：

4> sudo find / -name 'hdf5'
/user/timo/hdf5
/user/timo/Downloads/hdf5-1.8.4-patch1/windows/proj/hdf5

（在'/ user / timo / hdf5'中是已安装的'1.8.4-patch1'版本）

在我完全删除'1.8.10'版本之后，我想我的Python脚本会运行。谁能帮我吗？

（我正在使用'Ubuntu 12.04.1 LTS'和'Python2.7'）

我绝对不是专家，但是看看你链接的netCDF4页面，你可能需要在安装旧的HDF5版本后重建它。

但是，我想知道你是否使用“必需”下列出的标志构建netCDF4，为什么最新版本不起作用。

是什么 export 说？你的HDF5变量是否设置正确？

我会通过运行删除netCDF4和HDF5

apt-get remove --purge python-netcdf hdf5

这也将使相关的包丢失。

这可能更安全：

dpkg -r python-netcdf hdf5
apt-get autoremove

然后重新安装netCDF4和依赖项， 最常用的 来自Ubuntu 14 LTS的文章 。

apt-get install git git-doc git-el git-email git-gui gitk gitweb git-arch git-bzr git-cvs git-mediawiki git-svn python python-dev python-pip libatlas-base-dev gcc gfortran g++ cython

这对于避免以后的scipy python模块错误很有用[来自www.scipy.org]

apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib ipython ipython-notebook python-pandas python-sympy python-nose

（重新）安装zlib库：

ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4/zlib-1.2.8.tar.gz
cd /home/user/Downloads
tar xvzf zlib-1.2.8.tar.gz
cd zlib-1.2.8
./configure 
make 
make install

（重新）安装curl：

apt-get install curl

（重新）安装HDF5：

ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4/hdf5-1.8.9.tar.gz
cd /home/user/Downloads 
tar xvzf hdf5-1.8.9.tar.gz
cd hdf5-1.8.9
./configure --prefix=/usr/local --enable-shared --enable-hl
make -j 2
make install

（重新）安装netCDF4：

ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4.3.2.tar.gz
cd /home/user/Downloads
tar xvzf netcdf-4.3.2.tar.gz
cd netcdf-4.3.2

LDFLAGS=-L/usr/local/lib CPPFLAGS=-I/usr/local/include ./configure --enable-netcdf-4 --enable-dap --enable-shared --prefix=/usr/local
make -j 2
make install
make check

最后是netCDF4模块

pip install netcdf4

现在python“import netCDF4”应该可行