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update-alternatives仅在软件包明确使用替代系统的情况下有效。gnupg和gnupg2不。
通常，原因是用户界面差异太大，因此如果突然运行另一种工具，则使用一种工具的脚本将不再起作用。这里是一个典型的例子markdown。markdownDebian中的每个实现都有非常不同的命令行选项，因此那里没有使用替代系统。
gpg的和gpg2的命令行选项似乎并没有太大的区别，但是某些操作或退出代码的输出可能在某些地方有显着差异。
它们之间的不同之处在于对它们的依赖关系，这对于最小化安装和安装媒体很重要。尽管该gnupg软件包具有优先级“标准”（即安装在标准安装中）并且是该软件包的依赖项，但apt该软件包gnupg2引入了更多的库，这些库当前仅具有优先级“可选”。
Debian中有两个未解决的错误报告，一个针对每个软件包（针对gnupg＃561540和针对gnupg2＃483724），要求为gnupg和使用替代系统gnupg2。
目前，这些错误报告之一已被标记wontfix，但该标记被称为“暂时”，并且有一些提示，以防将来使用替代系统（或gnupg2将成为默认系统）时需要注意的事项。 。
如果您真的想gpg2被调用gpg，我建议您在shell中添加一个相应的别名，例如alias gpg=gpg2用于bourne-shell兼容shell。应该不会造成太大的伤害，但是只有在从命令行调用时才会起作用。
如果确实要/usr/bin/gpg使用gnupg2，则可以使用dpkg-divert，例如，重命名gpg为gpg1，然后命名gpg2为gpg。重命名为的文件dpkg-divert即使在更新相应软件包后也将保持其新名称。
但请注意： APT需要并使用gpg，可能并不期望它实际上是gpg2。因此，如果使用dpkg-divert这种方式，则可能会破坏系统的某些部分。（非root用户的shell别名对此很好。）
这个问题很快就会有新的答案：使用Debian 9 Stretch（大约2年后才会发布；-)或更新的版本。
背景：在DebConf15上，Debian GnuPG软件包维护者宣布，将来，GnuPG 2.x将/usr/bin/gpg位于Debian中，而GnuPG 1.x命令将重命名为/usr/bin/gpg1。
您仍然无法按照/usr/bin/gpg自己的喜好切换到另一个GnuPG版本（请参阅我的其他答案以了解其背后的原因），但是至少在不久的将来，GnuPG 2.x将成为Debian Unstable和Debian Testing中的默认实现。很快就会在Debian Experiment中出现。