麻烦安装Burrows-Wheeler Aligner(Linux)


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请耐心等待,我只是开始使用虚拟机和Linux。

我在linux虚拟机上安装BWA(链接)时遇到问题。我已经尝试了几种方法,我发现最完整的方向来自康奈尔大学的医学系,但我可能误解了他们要我做什么。

我从sourceforge下载了最新版本0.7.9a,并将其移动到我的主目录中的一个文件夹中。该文件的路径是:

/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2

然后我解压缩文件:

bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2  

然后解开文件:

tar xvf bwa-0.7.9a.tar

然后我进入了我创建的新目录:

cd bwa-0.7.9a

然后我使用了“make命令”

make

这是我挂断的地方:

终端打印此错误:

jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c   bwase.c     bwtsw2_aux.c    kopen.c    NEWS.md
bamlite.h   bwase.h     bwtsw2_chain.c  kseq.h     pemerge.c
bntseq.c    bwaseqio.c  bwtsw2_core.c   ksort.h    QSufSort.c
bntseq.h    bwtaln.c    bwtsw2.h        kstring.c      QSufSort.h
bwa.1       bwtaln.h    bwtsw2_main.c   kstring.h      qualfa2fq.pl
bwa.c       bwt.c       bwtsw2_pair.c   ksw.c      README.md
bwa.h       bwtgap.c    ChangeLog       ksw.h      utils.c
bwa-helper.js   bwtgap.h    COPYING     kthread.c      utils.h
bwamem.c    bwt_gen.c   example.c       kvec.h     xa2multi.pl
bwamem_extra.c  bwt.h       fastmap.c       main.c
bwamem.h    bwtindex.c  is.c        Makefile
bwamem_pair.c   bwt_lite.c  kbtree.h        malloc_wrap.c
bwape.c     bwt_lite.h  khash.h     malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS  utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
 #include <zlib.h>
              ^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ 

我不知道如何处理这个错误。你们能否就需要做什么提供任何见解?

我提出的第二个问题与康奈尔网站提供的说明中的后续步骤有关。它读,

“通过编辑〜/ .bashrc并添加,将bwa添加到PATH中

export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"

我在我的主目录中找到.bashrc(我可以在命令行中使用ls -a或在资源管理器中使用ctrl + h来查看它)。我不确定如何编辑文件以包含适当的代码行,即我只是将其粘贴到该文件中的任何位置?

我已经解释了他们的方向意味着我应该添加一些东西

export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a  

但我不确定这是否正确。


我通过以下命令安装了更早版本(0.5)。

get-apt install bwa

但是,我不想使用这个程序的过时版本。

你们能给我的任何帮助都将不胜感激。

谢谢,


主机操作系统:Windows 7家庭高级版(64位)(Service Pack 1)
虚拟机软件:Oracle VirtualBox版本4.3.12
来宾操作系统操作系统:Ubuntu 14.02(32位(我无法使64位工作)

Answers:


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看起来您缺少ZLIB头文件。

尝试:

sudo apt-get install zlib1g-dev

或者可能:

sudo apt-get install zlib-dev

第一个应该是正确的,但我没有Ubuntu机器来测试它。

希望这可以解决您的问题!

编辑
创建了一个Ubuntu VM并验证了这sudo apt-get install zlib1g-dev是正确的命令。


这对我有用。对不起,我忘了把它作为回答!
jrp355 2015年

@ jrp355感谢您的记忆!:)
BenjiWiebe 2016年
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