请耐心等待,我只是开始使用虚拟机和Linux。
我在linux虚拟机上安装BWA(链接)时遇到问题。我已经尝试了几种方法,我发现最完整的方向来自康奈尔大学的医学系,但我可能误解了他们要我做什么。
我从sourceforge下载了最新版本0.7.9a,并将其移动到我的主目录中的一个文件夹中。该文件的路径是:
/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2
然后我解压缩文件:
bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2
然后解开文件:
tar xvf bwa-0.7.9a.tar
然后我进入了我创建的新目录:
cd bwa-0.7.9a
然后我使用了“make命令”
make
这是我挂断的地方:
终端打印此错误:
jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c bwase.c bwtsw2_aux.c kopen.c NEWS.md
bamlite.h bwase.h bwtsw2_chain.c kseq.h pemerge.c
bntseq.c bwaseqio.c bwtsw2_core.c ksort.h QSufSort.c
bntseq.h bwtaln.c bwtsw2.h kstring.c QSufSort.h
bwa.1 bwtaln.h bwtsw2_main.c kstring.h qualfa2fq.pl
bwa.c bwt.c bwtsw2_pair.c ksw.c README.md
bwa.h bwtgap.c ChangeLog ksw.h utils.c
bwa-helper.js bwtgap.h COPYING kthread.c utils.h
bwamem.c bwt_gen.c example.c kvec.h xa2multi.pl
bwamem_extra.c bwt.h fastmap.c main.c
bwamem.h bwtindex.c is.c Makefile
bwamem_pair.c bwt_lite.c kbtree.h malloc_wrap.c
bwape.c bwt_lite.h khash.h malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
#include <zlib.h>
^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$
我不知道如何处理这个错误。你们能否就需要做什么提供任何见解?
我提出的第二个问题与康奈尔网站提供的说明中的后续步骤有关。它读,
“通过编辑〜/ .bashrc并添加,将bwa添加到PATH中
export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"
我在我的主目录中找到.bashrc(我可以在命令行中使用ls -a或在资源管理器中使用ctrl + h来查看它)。我不确定如何编辑文件以包含适当的代码行,即我只是将其粘贴到该文件中的任何位置?
我已经解释了他们的方向意味着我应该添加一些东西
export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a
但我不确定这是否正确。
我通过以下命令安装了更早版本(0.5)。
get-apt install bwa
但是,我不想使用这个程序的过时版本。
你们能给我的任何帮助都将不胜感激。
谢谢,
主机操作系统:Windows 7家庭高级版(64位)(Service Pack 1)
虚拟机软件:Oracle VirtualBox版本4.3.12
来宾操作系统操作系统:Ubuntu 14.02(32位(我无法使64位工作)