Answers:
更新（2016年2月12日）：
我终于安装了El Capitan，现在可以确认OndřejČertík的回答是正确的。我强烈建议安装命令行开发人员工具，而不是禁用SIP。
正如Ondřej指出的那样，仅安装Xcode不会安装所有命令行开发人员工具。您必须xcode-select --install在终端中执行。
原始帖子（2015年12月5日）：
El Capitan默认禁用对/ System，/ bin，/ sbin，/ usr，/ etc，/ tmp和/ var的写权限，即使对于root用户也是如此。这是由于新的安全完整性保护功能。
要禁用SIP，请引导至恢复模式并csrutil disable在Terminal中执行命令。
免责声明：由于我尚未升级到El Capitan，因此我自己尚未对此进行测试。
/usr/includeusing xcode-select --install并使SIP保持启用状态。请参阅下面的答案以获取更多信息。
默认情况下，当您从El Capitan上的App Store安装Xcode（“开发人员工具”）时，它不会安装包含的“命令行开发人员工具” /usr/include。要安装“命令行开发人员工具”，请执行xcode-select --install，它会提示您是否要从App Store中获取Xcode +命令行工具（但我已经从App Store中安装了Xcode，而且显然不包含命令）行实用程序），因此我选择了“安装”，然后选择了“ install” /usr/include。
至于系统完整性保护（SIP），请将其保持启用状态，因为这似乎是一件好事。之所以xcode-select --install成功地安装到受保护的/usr目录可能是因为xcode-select被列入白名单SIP。
xcode-select --install才能获得工具。