以＃$开头的bash脚本行是什么意思？

我发现这个bash脚本在GitHub上，我想用我自己的工作。我的问题是：2至5行是什么意思？他们只是评论还是有任何目的？

#!/bin/bash
#$ -l h_rt=72:00:00
#$ -V
#$ -N index_calc
#$ -j y

source ~/modules.sh

cd $1

l_file=`find . -name 'L*stack' -type f`
for l in $l_file; do
    echo "Running on file:"
    echo $l
      extract=${l:0:45}
    name=${extract}_index.tif
    echo "Name of index stack:"
    echo $name
    echo "Executing code..."
    ~/Documents/misc/spectral/transforms.py \
    -v $l $name evi ndvi nbr ndmi 

done

echo "Done!"

command-line bash scripts

— mlateb
source

以开头的行#$是选项qsub，用于将作业提交到SGE集群的命令，本自述文件中介绍了调度系统：

使用BIMSB（即将称为MAX）集群环境类似于使用unix / linux环境进行作业提交（例如，运行脚本或其他软件）。区别在于您需要预先指定所需的资源。群集由组织队列和资源的SGE（Sun Grid Engine软件）控制。当许多人共享有限的计算资源时，这种调度系统是必需的。而且，如果您要为多个样本运行比对并想在多个计算机或CPU上分布这些任务（作业），或者在运行需要长时间在多个CPU上运行的统计模拟时，这将很有用。对于这些情况，甚至更多，

SGE将执行“作业计划”。这意味着您可以提交所有作业，SGE会将它们排队，并在您请求的资源可用时运行它们。SGE还将实现“负载平衡”，在该负载下将分配作业，以使特定节点不会过载。此外，SGE允许您执行“作业监视和记帐”，这在您要检查作业是否正在运行时很有用，如果失败，它将帮助您了解问题所在。

该qsub命令的语法在其联机帮助页中进行了说明，您的脚本使用以下选项：

-l h_rt=<hh:mm:ss> –指定最大运行时间（小时，分钟和秒）
-V –将所有环境变量传递给作业
-N <jobname>–指定作业的名称。使用时qstat，您会看到此信息，以检查工作状态。
-j y[es]|n[o] –指定是否将作业的标准错误流合并到标准输出流中

正如如何使用qsub提交作业所解释的那样，可以qsub直接在脚本中以开头的行中设置选项#$。这是qsub在命令行中通过命令传递它们的替代方法。

— 甜点
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