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我在各种基于Debian,RHEL和Virtal Machine的操作系统和研究工具(用于计算生物学和生物信息学)上进行了谷歌搜索。以下是一些值得注意的摘要:
Debian Med:Debian操作系统,特别适合医学实践和生物医学研究的要求。
DNALinux:是一个预装有生物信息软件的虚拟机。
Bioknoppix:是Knoppix Linux Live CD的定制发行版。它带有针对分子生物学家的应用程序。除了使用一些RAM外,Bioknoppix不会触摸主机(因为它是Live-CD),因此非常适合演示,分子生物学学生,研讨会等。
Vigyaan:(“ Vigyaan”在印地语中的意思是“科学”。但这对我来说也不是科学Linux)。Vigyaan是用于生物信息学,计算生物学和计算化学的电子工作台。它旨在满足初学者和专家的需求。VigyaanCD是一个实时Linux CD,其中包含启动计算机和所有可用的建模软件所需的所有软件。VigyaanCD v1.0基于KNOPPIX v3.7。
VLinux:是面向生物信息学的学生和研究人员的Linux发行版和设备。它基于OpenSUSE,并使用Novell的Suse Studio构建。
BioSLAX:是由新加坡国立大学(NUS)生物信息中心(BIC)的资源小组发布的新的生物信息工具CD / DVD实时套件。该CD / DVD可从任何PC引导,运行LINUX操作系统的压缩SLACKWARE风格,也称为SLAX。
Bio-Linux 6.0:是功能齐全,功能强大,可配置且易于维护的生物信息学工作站。Bio-Linux在Ubuntu Linux 10.04上提供了500多个生物信息学程序。有一个用于生物信息学程序的图形菜单,并且可以轻松访问Bio-Linux生物信息学文档系统和对测试程序有用的样本数据。您还可以安装Bio-Linux软件包来处理新一代序列数据类型。
作为生物信息学家,我的观点是下载并运行适合您的任何Linux版本。几乎所有内容都可以免费下载和使用。在我的研究工作中,我使用Ubuntu和CentOS。我将分享我的经验。
CentOS:如果您在安装过程中安装了所有库,那么以后不会遇到太多问题。我已经在上面使用了分子动力学软件包AMBER和Desmond。它通常运行不会造成很多问题。
Ubuntu:由于没有预装许多库,因此您必须知道在哪里可以找到有关在其上运行软件的信息。但是,由于Ubuntu在研究人员中非常受欢迎,所以我没有理由不建议您尝试使用它。如果您在安装或运行软件时遇到任何困难,则可以在与该特定软件相关的特定邮件列表中发布问题。 在Ubuntu软件中心中,可以使用Pymol,AutoDock,Unipro UGENE等程序。Gromacs较早可用(我在12.04中找不到它)。
我强烈建议您花些时间在Ubuntu上安装所有有用的软件,然后使用Remastersys制作操作系统的副本,以将其放置在所需的任何台式机和工作站上。
就个人而言,我看到了针对生物学和化学研究受众的专用Linux OS的巨大范围。
希望能帮助到你。
据我所知,没有为此目的专门的发行。
(有一个名为Scientific Linux的发行版,该发行版基于RedHat / Centos,但它主要是由High Energy Physics开发并满足其需求的(并且没有Ubuntu所缺少的任何常规功能)。)
尽管用ubuntu打包的专业科学应用程序的数量相对较少(尽管我希望您也可以查看其他发行版的情况),但生物学类别(在科学/工程学下)具有一组软件包。科学+工程/生物学列出了一些,但似乎不是最新的。
也就是说,许多科学工具虽然不在官方存储库中,但却提供了与ubuntu兼容(.deb)的软件包,您可以下载它们(例如libSBML)或通用linux二进制文件(例如Copasi),或者与平台无关(用Java编写, python等),因此应该在Ubuntu(例如ImageJ)中非常愉快地运行。
我使用Ubuntu进行计算生物学工作,尽管这主要涉及使用通用工具(例如R,python)而不是专用应用程序。
我看到有几种可用的Ubuntu Science混音,但它们似乎都已消失。这似乎是很多Ubuntu混音的方式,因为很多时候它们只是提供了很多功能,而不仅仅是自动安装一些应用程序,因此它们并没有获得开发人员所需的大量支持。 。
我的建议是使用坚实的基于科学的发行版,例如Scientific Linux,这是Fermilab,CERN等公司使用(并由其开发)的发行版。来自科学界的支持。不幸的是,它基于Red Hat,因此它可能无法完全满足您的需求。
如果需要使用Ubuntu,则回购中有几种科学应用程序,只需启动Ubuntu软件中心并浏览“科学与工程”->“生物学”即可。由于我的专业知识,我不确定这些程序的用处。如果足够,您可以设置一个快速的bash脚本,在安装新计算机时将它们全部安装。