有哪些生物信息学和计算生物学工具?


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今天,我被要求寻找Ubuntu的科学版。他们实际上正在寻找执行DNA序列分析,蛋白质验证,估算以及许多生物学相关任务的工具。

第一:

  1. 是否有科学的,面向生物的版本的Ubuntu

  2. 有没有像上述要点那样进行科学分析的工具。


我正要在类似的行上发布内容。感谢您关注这个主题:)
Chirag

Answers:


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我在各种基于Debian,RHEL和Virtal Machine的操作系统和研究工具(用于计算生物学和生物信息学)上进行了谷歌搜索。以下是一些值得注意的摘要:

Debian Med:Debian操作系统,特别适合医学实践和生物医学研究的要求。

DNALinux:是一个预装有生物信息软件的虚拟机。

Bioknoppix:是Knoppix Linux Live CD的定制发行版。它带有针对分子生物学家的应用程序。除了使用一些RAM外,Bioknoppix不会触摸主机(因为它是Live-CD),因此非常适合演示,分子生物学学生,研讨会等。

Vigyaan:(“ Vigyaan”在印地语中的意思是“科学”。但这对我来说也不是科学Linux)。Vigyaan是用于生物信息学,计算生物学和计算化学的电子工作台。它旨在满足初学者和专家的需求。VigyaanCD是一个实时Linux CD,其中包含启动计算机和所有可用的建模软件所需的所有软件。VigyaanCD v1.0基于KNOPPIX v3.7。

VLinux:是面向生物信息学的学生和研究人员的Linux发行版和设备。它基于OpenSUSE,并使用Novell的Suse Studio构建。

BioSLAX:是由新加坡国立大学(NUS)生物信息中心(BIC)的资源小组发布的新的生物信息工具CD / DVD实时套件。该CD / DVD可从任何PC引导,运行LINUX操作系统的压缩SLACKWARE风格,也称为SLAX。

Bio-Linux 6.0:是功能齐全,功能强大,可配置且易于维护的生物信息学工作站。Bio-Linux在Ubuntu Linux 10.04上提供了500多个生物信息学程序。有一个用于生物信息学程序的图形菜单,并且可以轻松访问Bio-Linux生物信息学文档系统和对测试程序有用的样本数据。您还可以安装Bio-Linux软件包来处理新一代序列数据类型。


作为生物信息学家,我的观点是下载并运行适合您的任何Linux版本。几乎所有内容都可以免费下载和使用。在我的研究工作中,我使用Ubuntu和CentOS。我将分享我的经验。

CentOS:如果您在安装过程中安装了所有库,那么以后不会遇到太多问题。我已经在上面使用了分子动力学软件包AMBERDesmond。它通常运行不会造成很多问题。

Ubuntu:由于没有预装许多库,因此您必须知道在哪里可以找到有关在其上运行软件的信息。但是,由于Ubuntu在研究人员中非常受欢迎,所以我没有理由不建议您尝试使用它。如果您在安装或运行软件时遇到任何困难,则可以在与该特定软件相关的特定邮件列表中发布问题。 在Ubuntu软件中心中,可以使用PymolAutoDockUnipro UGENE等程序。Gromacs较早可用(我在12.04中找不到它)。

我强烈建议您花些时间在Ubuntu上安装所有有用的软件,然后使用Remastersys制作操作系统的副本,以将其放置在所需的任何台式机和工作站上。

就个人而言,我看到了针对生物学和化学研究受众的专用Linux OS的巨大范围。

希望能帮助到你。


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那么,这是一个经过充分研究的答案。谢谢Chirag。将考虑您的建议。
路易斯·阿尔瓦拉多

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如果社区对此很认真。我可以对此事做更多调查。我可以为计算化学家和生物学家生成关于在线图书馆对科学软件的支持的民意调查。我敢肯定,可以使Ubuntu变得更加易于研究发行:)我的许多同事都使用ubuntu。我会和他们说一句话,让您了解更多。
希拉格

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Bio-Linux是基于Ubuntu的生物信息学工作站。

除此之外,还有的对Ubuntu面向生物学的程序/工具一大堆,列举并详细说明了这里


如果您可以添加以下内容:distro.ibiblio.org/bio-linux/iso,我发现它拥有最新的版本。我以为它已经2岁了,但在那里我可以看到它不断更新。
路易斯·阿尔瓦拉多

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看来Bio-Linux仍在积极开发中。它基于LTS。根据这个bugs.launchpad.net/bio-linux/+bug/998144,基于Ubuntu 12.04的版本7应该在十月份发布。当前版本(6)基于10.04。
reverendj1 2012年

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据我所知,没有为此目的专门的发行。

(有一个名为Scientific Linux的发行,该发行基于RedHat / Centos,但它主要是由High Energy Physics开发并满足其需求的(并且没有Ubuntu所缺少的任何常规功能)。)

尽管用ubuntu打包的专业科学应用程序的数量相对较少(尽管我希望您也可以查看其他发行版的情况),但生物学类别(在科学/工程学下)具有一组软件包。科学+工程/生物学列出了一些,但似乎不是最新的。

也就是说,许多科学工具虽然不在官方存储库中,但却提供了与ubuntu兼容(.deb)的软件包,您可以下载它们(例如libSBML)或通用linux二进制文件(例如Copasi),或者与平台无关(用Java编写, python等),因此应该在Ubuntu(例如ImageJ)中非常愉快地运行。

我使用Ubuntu进行计算生物学工作,尽管这主要涉及使用通用工具(例如R,python)而不是专用应用程序。


很好的分析。任何基于Debian / Ubuntu发行版的想法。
Luis Alvarado 2012年

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老实说,我认为专业发行毫无意义。如果为debian / ubuntu打包了更多专业应用程序,这当然会很有用,但是为这些应用程序设置PPA似乎比维护整个发行版更合适-Ubuntu提供了一个完美的桌面,对我来说,显而易见的是,一个好的生物学平台需要在系统范围内进行更改,而对于通用平台而言,只需轻松安装和测试这些工具即可。就是说,许多该软件的不确定许可可能会使其变得困难。
慢性病

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我看到有几种可用的Ubuntu Science混音,但它们似乎都已消失。这似乎是很多Ubuntu混音的方式,因为很多时候它们只是提供了很多功能,而不仅仅是自动安装一些应用程序,因此它们并没有获得开发人员所需的大量支持。 。

我的建议是使用坚实的基于科学的发行版,例如Scientific Linux,这是Fermilab,CERN等公司使用(并由其开发)的发行版。来自科学界的支持。不幸的是,它基于Red Hat,因此它可能无法完全满足您的需求。

如果需要使用Ubuntu,则回购中有几种科学应用程序,只需启动Ubuntu软件中心并浏览“科学与工程”->“生物学”即可。由于我的专业知识,我不确定这些程序的用处。如果足够,您可以设置一个快速的bash脚本,在安装新计算机时将它们全部安装。

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