“边读边”粘贴问题

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我有69个名为的文件*.sites.pi。例如，OC9.sites.pi，cu27.sites.pi等。

每个文件的前缀（位于.sites.pi之前）位于名为的文件中ind_list。

$ cat ind_list
OC9
Ocu27
...

我想将所有这些文件的第三列合并在一起。

我试过了：

while read i
do
    paste <(cut -f3 $i.sites.pi) >> output
done < ind_list

但这是行不通的。我该如何运作？

bash paste

— 用户名
source

你说合并是什么意思？并排打印所有列还是一个接一个打印？您当前正在粘贴一件事，这没有多大意义。

— fedorqui

是的，我要并排打印列。

— user236152

您的命令在循环外是否具有预期的行为？即是paste <(cut -f3 OC9.sites.pi) >> output正确的？

— 阿瑟雷

是的，它有效！问题来自while读取循环...

— user236152

我可以那样做，并且可以正常工作：paste <(cut -f3 Ocu27.sites.pi) <(cut -f3 OS10.sites.pi) <(cut -f3 OC9.sites.pi) > output但是写69次“ <（cut -f3 OC9.sites.pi）”部分实在是太烦人了！

— user236152

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粘贴文件需要同时将所有元素都指定给paste。由于正在读取文件，因此需要首先将内容存储在某个位置（例如，在临时文件中），以便可以将paste它们一起存储。

所以我建议像这样：

i=1
while read -r file
do
    awk '{print $3}' "$file" > file.$i
    ((i++))
done < ind_list

现在，您在file.XX文件的第三列中有许多文件。

然后，只要使用类似这样的东西，格伦·杰克曼就会启发我们：

paste -d " " file.{1..69} > output

然后，您可以说清除所有临时文件rm file{1..69}。

— 费多基
source

非常感谢它的工作！只需更改file{1..69}为file.{1..69}

— user236152

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@ user236152很高兴读到！记住，您可以接受任何可以帮助您解决问题的答案（我都很喜欢！）

— fedorqui 2015年

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我没有终端可以测试我的答案，所以我会尝试盲目的猜测。

我认为两者之间的行为可能有所不同

paste <(cut -f3 Ocu27.sites.pi) <(cut -f3 OS10.sites.pi) >output

和

paste <(cut -f3 Ocu27.sites.pi) >>output
paste <(cut -f3 OS10.sites.pi) >>output

为了解决这个问题，您可以将原始循环更改为：

while read i
do
    arguments="$arguments <(cut -f3 $i.sites.pi)"
done < ind_list
eval "paste $arguments >output"

这样做的另一个好处是，您paste在循环结束时只执行一次，因此与在循环的每次迭代中计算粘贴相比，性能可能有所提高

— 阿瑟雷
source

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我喜欢这种解决方案，+ 1。我可能会用它args=$(awk '{printf "<(cut -f3 %s) ", $1})' ind_list来创建一个更漂亮的字符串。

— fedorqui

@fedorqui同意，这awk看起来比循环还

— 酷

在一般情况下，当大约只是单独处理文本，awk或sed足够了。我使用bash的循环，如果我要进行额外的东西，比如调用外部命令，等等

— fedorqui

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使用`cat`和`awk`

cat ind_list | xargs -i'{}' awk '{print $3}' "{}.sites.pi" > output

例

输入文件

cat OC8.sites.pi

foo bar foobar

cat OC9.sites.pi

foo bar foobar

cat Ocu27.sites.pi

foobar foo bar

cat ind_list

OC8
OC9
Ocu27

命令

cat ind_list | xargs -i'{}' awk '{print $3}' "{}.sites.pi" > output

输出文件

cat output

foobar
foobar
bar

— AB
source

“边读边”粘贴问题

使用cat和awk

例

使用`cat`和`awk`