在Ubuntu中安装R软件包的首选方法是什么？

我正在ubuntu中的R中进行安装，但是我对安装软件包的许多选项感到有些困惑。

传统方法是通过将它们安装在R内install.package()。但是，Ubuntu提供了使用进行安装的可能性apt-get。这很有趣，因为操作系统将保持软件包的更新。由于它们只有几个软件包，因此迟早会造成问题。我最终将通过传统方式安装软件包，以不同的方式安装它们，也许（？）这也会造成版本问题。

在Ubuntu中安装和保留R软件包的首选方法是什么？

我认为通过Ubuntu回购协议可用的唯一R软件包是R开发核心团队维护的软件包。与大多数软件包一样，可通过apt突触或突触获得的软件包并不总是最新版本。幸运的是，您可以选择通过创建一个/etc/apt/sources.list.d/CRAN.list包含单行文本的新文件来添加CRAN维护的软件源：

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

（替换trusty/为发行版的代号；如果不知道，请lsb_release -c在终端中输入）。在那之后（和apt update）你的包管理器始终安装（或更新）的CRAN维护版本r-base，r-base-core等等，因为他们会比在debian来源的次数更高的版本号。如果抱怨回购未签名，请参见此处apt。

对于所有其他软件包（也称为“贡献软件包”），我宁愿尽可能在R内安装install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))，除非我知道CRAN上的版本较旧并且较新的版本具有我需要的功能。在这种情况下，您可以从GitHub与GitHub一起安装，也可以devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')下载归档文件，然后通过R CMD INSTALL name_of_package.tar.gz或在R中通过终端窗口将其安装install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source")。

为了完整起见，这是CRAN的官方指南。

我通常会apt-get r-cran在可能的情况下使用install进行安装，因为这可以更清洁地处理依赖关系和更新。仅当它不可用时，我才会在R中使用install。

请注意，R Debian软件包有两个存储库：

1. 官方R：提供了一些软件包。要包括它，您需要将链接添加到回购中，以更新source.list文件。这记录在CRAN-ubuntu页面上，然后运行apt-get update，然后升级

2. PPA：Michael rutter提供了一个ppa，cran2deb4ubuntu，其中包含更多软件包。有关一些文档，请参阅此博客的结尾。您只需要运行（然后在更新/升级之后）：

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

请注意，对于R 3.5.0，仓库名称已更改，现在可以从cran2deb4ubuntu_3.5中获得由Michael Rutter预编译的Task Views库。