如何安装R的devtools和数字化？

我需要devtools，因为我需要功能install_github来在此处安装数字化 的非CRAN软件包。我安装了R

sudo apt-get install r-cran-robustbase

正如terdon的回答所建议的那样，我没有立即安装R的软件包，但是我可以更正权限：

sudo chmod 755 /usr/lib/R/site-library/

我认为这是默认设置。然后，我必须按照rcs的答案建议进行操作，以成功安装devtools，tpoisot/digitize但只能使用

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
R
install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install.packages('readbitmap')
install_github('tpoisot/digitize')

最后一条命令的输出可以是

Skipping install for github remote, the SHA1 (d16e28b9) has not changed since last install.
  Use `force = TRUE` to force installation

这样做install_github('tpoisot/digitize', force = TRUE)，但你可能会得到

...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/tmp/RtmpX8eOLX/devtools57475d25a113/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

Error: ERROR: no permission to install to directory ‘/usr/local/lib/R/site-library’
Error: Command failed (1)

如果没有，我找不到安装数字化的方法sudo。这样做sudo R，重复相同的操作，您会得到

...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/tmp/RtmpAlAT4e/devtools57e864e8c490/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

* installing *source* package ‘digitize’ ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (digitize)

添加masi到现有的组staff来工作，而sudo在R; 您还需要在全新安装中

sudo usermod -a -G staff masi

安装测试

1. 我在这里按照指南进行操作。我从没有开始，R在这里使用他们的测试图像。$HOME/Pictures/sudo

2. 用鼠标在轴上选择四个点 cal = digitize::ReadAndCal('Rintro-snail1.jpg')

3. 这样做data.points = digitize::DigitData(col = 'red')并手动选择哪些是你的数据点分

4. 我通过双击来关闭“绘图”窗口。

5. 做df = digitize::Calibrate(data.points, cal, 0.1, 0.4, 0.0, 0.6)和看df

          x  y
   1  71.50 NA
   2  65.65 NA
   ...
   24 26.80 NA
   

   在做 head(df)

         x  y
   1 71.50 NA
   2 65.65 NA
   3 64.60 NA
   4 60.85 NA
   5 59.05 NA
   6 58.15 NA
   

安装细节

• 在R与无sudo

  > .Library
  [1] "/usr/lib/R/library"
  > > .libPaths()
  [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"      
  [3] "/usr/lib/R/library"  
  

• ls /usr/lib/R/library/没有列出的命令devtools。为什么？

  base       compiler   grid        methods   rpart    survival
  boot       datasets   KernSmooth  mgcv      spatial  tcltk
  class      foreign    lattice     nlme      splines  tools
  cluster    graphics   MASS        nnet      stats    translations
  codetools  grDevices  Matrix      parallel  stats4   utils
  

• 命令 ls -la /usr/local/lib/R/

  total 12
  drwxrwsr-x 3 root staff 4096 touko 19 22:25 .
  drwxr-xr-x 5 root root  4096 touko 19 22:25 ..
  drwxrwsr-x 2 root staff 4096 touko 19 22:25 site-library
  

• 命令 ls -la /usr/local/lib/

  total 20
  drwxr-xr-x  5 root root  4096 touko 19 22:25 .
  drwxr-xr-x 14 root root  4096 touko 19 22:13 ..
  drwxrwsr-x  4 root staff 4096 huhti 21 01:13 python2.7
  drwxrwsr-x  3 root staff 4096 huhti 21 01:08 python3.5
  drwxrwsr-x  3 root staff 4096 touko 19 22:25 R
  

• 命令 R_LIBS_USER="/usr/local/lib/R/site-library/" R

   R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
   Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
   Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
   ...
  

• library(devtools) 被加载

差动工具

• 这个项目更受欢迎并且可以更好地工作 https://github.com/markummitchell/engauge-digitizer

先前错误的原因

• 没有干净的系统：从14.04、15.10等升级的系统。
• 由于先前的原因而陷入混乱的权限/所有者。
• 在过程中出现自己的错误。
• 发生故障时不备份。
• ...
• 缺少文件

系统：全新安装的Ubuntu 16.04 64位
硬件：Dell PC 2013，Macbook Air 2013-mid，...

httr进口openssl这就需要如系统需求包libssl-dev（sudo apt install libssl-dev）

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

该curl软件包需要作为系统要求libcurl4-openssl-dev：

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

因此，要安装，您将需要运行：

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

然后使用sudo R和启动R Shell ：

install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('tpoisot/digitize')

通常，您不只是更改系统目录的权限！这就是root访问的目的。将权限放回找到它们的方式，并在下次运行时sudo R再install.packages从生成的root R shell中放回。

现在，您无法安装的原因就在显示的输出中：

ERROR: dependencies ‘httr’, ‘git2r’ are not available for package ‘devtools’

显然，由RCS解释，在Ubuntu上，您需要安装libssl-dev和libcurl4-openssl-dev第一。

下一个问题是您的根用户的R安装/usr/local/lib/R/site-library在其输出的第一个目录中具有.libPaths，而不在常规用户的路径中。因为它是root的第一个条目，所以库的安装位置是：

 Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)

因此，一个简单的解决方案是创建一个名为的文件~/.Rprofile，并将以下行添加到其中：

.libPaths("/usr/local/lib/R/site-library/")

另外，您也可以加入类似

   .libPaths("/home/masi/Rlibs")

这样一来，您以后就可以将库安装到目录中/home/masi/Rlibs （选择所需的名称），从而避免使用sudo R。

或者，您可以将环境变量设置R_LIBS_USER为/usr/local/lib/R/site-library/（/home/masi/Rlibs或在安装库的其他任何地方）。只需将此行添加到您的~/.profile：

R_LIBS_USER=/usr/local/lib/R/site-library/