如何使用sed或awk将字符串添加到.txt文件中的所有行中，除了少数字符外

我有一个名为的文本文件xid.txt：

xid: SC48028 id: artf398444
xid: indv1000 id: indv24519
xid: SC32173 id: artf398402
xid: SC21033 id: artf398372
xid: 1001 id: tracker4868
xid: wiki1000 id: wiki10709
xid: proj1234 id: proj12556

我需要在'SC48028'，'SC32173'...之前添加字符串'PT_'。字符串“ SC ...”可以任何组合开头，可以是“ AC ...”或“ DL ..”

要求的输出：

xid: PT_SC48028 id: artf398444
xid: indv1000 id: indv24519
xid: PT_SC32173 id: artf398402
xid: PT_SC21033 id: artf398372
xid: 1001 id: tracker4868
xid: wiki1000 id: wiki10709
xid: proj1234 id: proj12556

如果看到上面的输出，我们不应在以'i'，'p'，'w'和'numerical'开头的字符串之前插入'PT_'。我已经使用sed中的insert / append尝试了一些基本命令来满足我的要求。

text-processing awk sed

— 萨拉特·萨胡（Subrat Sahoo）
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您的问题与主题有关，在这里欢迎您，但您可能对我们新的生物信息学站点感兴趣。

— terdon

Answers:

用awk：

awk '$2~/^[A-Z][A-Z]/{ $2="PT_"$2 }1' xid.txt

输出：

xid: PT_SC48028 id: artf398444
xid: indv1000 id: indv24519
xid: PT_SC32173 id: artf398402
xid: PT_SC21033 id: artf398372
xid: 1001 id: tracker4868
xid: wiki1000 id: wiki10709
xid: proj1234 id: proj12556

$2~/^[A-Z][A-Z]/ -如果第二个字段以2个大写字母开头

或sed方法：

sed -i 's/^\(xid:[[:space:]]*\)\([A-Z]\{2\}[^[:space:]]*\)/\1PT_\2/' xid.txt

— 罗曼·佩列赫雷斯特
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这是如此顺利，即时答复非常感谢。如果我想在现有输入文件中追加内容，应该怎么做？

— Subrat Sahoo

awk '$2~/^[A-Z]{2}/{ $2="PT_"$2 }1' xid.txt > xid-tmp && mv xid-tmp xid.txt或使用我的第二种方法

— RomanPerekhrest

@SubratSahoo如果此答案解决了您的问题，请花一点时间并单击左侧的复选标记以接受。这会将问题标记为已回答，并且是在Stack Exchange网站上表达感谢的方式。

— terdon

另外，@ SubratSahoo（和罗马）的GNU的较新版本awk（通常在Linux系统上安装的版本）具有-i inplace允许您就地编辑文件的文件，如sed和perl的-i。

— terdon

@terdon，是的，我知道-i inplace（我mv为OP 建议了一种统一的命令方法，以适合可移植性）。至于Bioinformatics beta社区：我刚刚加入。会有与Linux / Python编程/处理相关的任务吗？你怎么想？

— RomanPerekhrest

sed选项

sed -i -e 's/[A-Z][A-Z]/PT_&/' file

哪里

-i 就地编辑
-e 执行命令

— 始祖
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