从文件读取grep模式

我有几个大的文本文件，并且在文件中，UNIQS.txt我有grep从另一个文件来的字符串列表。我使用的代码是

grep -f UNIQS.txt EEP_VSL.uniqs.sam > UNIQ_templates.sam

什么都不做-生成的文件为空。但是当我这样做

grep -F -f UNIQS.txt EEP_VSL.uniqs.sam > UNIQ_templates.sam

它正常工作。这让我感到困惑，因为我不认为grep会将条目解释UNIQS.txt为不带引号和斜杠的正则表达式模式，以此类推（例如没有）。一般情况下，如果从文件中获取模式，它将自动认为它们是regexp模式？

编辑：在UNIQS.txt文件中，有换行符分隔的形式的字符串

HWI-ST365:215:D0GH0ACXX:2:1101:10034:186783

（称为模板名称）和文件EEP_VSL...选项卡分隔的列，大约有14列，第一列是模板名称，因此基本上我想提取与文件中每个模板相对应的行。

grep

— 自卫队
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Answers:

该-f选项指定grep读取模式的文件。这就像在命令行上传递模式（-e如果有多个选项，则可以选择），只是从shell调用时，您可能需要引用模式以保护其中的特殊字符不被shell扩展。

参数-Eor -F或-P（如果有的话）告诉grep模式写入哪种语法。不带参数的grep需要基本的正则表达式；与-E，grep期望扩展的正则表达式 ; 使用-P（如果支持），grep期望Perl正则表达式；和一起-F，grep需要文字字符串。模式是来自命令行还是来自文件都没有关系。

请注意，这些字符串是子字符串：如果您a+b以模式传递，a+b+c则匹配包含的行。如果要搜索仅包含提供的字符串之一且不包含更多字符串的行，请传递该-x选项。

— 吉尔斯“别再邪恶了”
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好的，谢谢。我可以问一下，假设我想完全匹配该字符串，即，如果字符串是12345，那么我只希望它与12345匹配，而不是123456或123455等，我该怎么做？

— sdf 2013年

@sdf阅读我的最后一段：-x

— 别再作恶了'

这太旧了，很抱歉将其挖掘出来。尽管上面的解释很棒，但是对于为什么没有-F标记的情况下文件中的模式（字符串）为何不匹配却有些含糊。我的猜测是-上面的示例行中的导致将其读取为字符序列吗？那也不需要方括号吗？我已经测试了一些示例文件，但还没有得出结论。

— trs

@trs问题中显示的行（在我发布答案后添加了该行）不包含在正则表达式中具有特殊含义的任何字符，因此使用和不使用时，其行为相同-F。它将与诸如之类的字符有所不同\[*^$。

— 吉尔斯（Gilles）“所以别再作恶了”

@Gilles谢谢，这也是我的印象，但是@sdf声称“生成的文件为空”（读取：无匹配项）而没有-F标志？

— trs

我遇到了同样的错误，但@gilles给出的好答案无法解决。在输入文件中仔细查看时，我在末尾发现了2个换行符。没有这些，仅需成功：grep -i file_pattern_input文件

（GNU grep 3.1，输入文件超过5000条记录，匹配/模式文件2536，我知道所有2536都必须在文件中。换行符可以获取文件的所有行，而不仅仅是2536个匹配行）

— th_k
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这与OP的问题无关。空行被grep读取为空模式，并且空模式匹配到处。

— 老师