Questions tagged «join»

我有喜欢的文件： 0 AFFX-SNP-000541 NA 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 rs12103 0.6401 1 rs12103_1247494 0.696 1 rs12142199 0.7672 和一个file2： 0 AFFX-SNP-000541 1 0 AFFX-SNP-002255 1 1 rs12103 0.5596 1 rs12103_1247494 0.5581 1 rs12142199 0.4931 并且想要一个file3这样的： 0 AFFX-SNP-000541 NA 1 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 1 rs12103 0.6401 0.5596 1 rs12103_1247494 0.696 0.5581 1 …

33 text-processing  awk  join  bioinformatics 

我有两个文件_jeter3.txt和_jeter1.txt 我检查了它们都在第20列上使用 sort -c sort -t ' ' -c -k20,20 _jeter3.txt sort -t ' ' -c -k20,20 _jeter1.txt #no errors 但是当我要join两个文件都出现错误时，它说第二个文件未排序： join -t ' ' -1 20 -2 20 _jeter1.txt _jeter3.txt > /dev/null join: File 2 is not in sorted order 我不明白为什么。 cat /etc/*-release #FYI openSUSE 11.0 (i586) VERSION = …

13 sort  join 

File1.txt id No gi|371443199|gb|JH556661.1| 7907290 gi|371443198|gb|JH556662.1| 7573913 gi|371443197|gb|JH556663.1| 7384412 gi|371440577|gb|JH559283.1| 6931777 File2.txt id P R S gi|367088741|gb|AGAJ01056324.1| 5 5 0 gi|371443198|gb|JH556662.1| 2 2 0 gi|367090281|gb|AGAJ01054784.1| 4 4 0 gi|371440577|gb|JH559283.1| 21 19 2 output.txt id P R S NO gi|371443198|gb|JH556662.1| 2 2 0 7573913 gi|371440577|gb|JH559283.1| 21 19 2 6931777 File1.txt有两列，而File2.txt有四列。我想加入两个具有唯一ID的文件（array [1]应该在两个文件（file1.txt和file2.txt）中都匹配，并且只给输出匹配的ID（请参见output.txt）。 …

11 awk  join 

我将用一个例子来问我的问题。我有2个文件： 文件＃1： 118D FC300_R5_TP FX.B 32775 2112 6 2038 6 2112 0 118E FC300_R5_TP FX.B 32775 2136 7 2065 6 2136 0 118F FC300_R5_TP FX.B 32775 2124 6 2064 6 2124 0 1190 FC300_R5_TP FX.B 819210 814632 99 814609 99 814632 0 1191 FC300_R5_TP FX.B 819210 104100 13 103714 13 …

9 shell-script  text-processing  awk  join 

我要加入两个文件，分别有大约12900和4400个条目。这些文件包含全球所有陆基气象观测站的位置信息。最大的文件每两周更新一次，较小的文件大约一年一次。原始文件可以在这里找到（http://www.wmo.int/pages/prog/www/ois/volume-a/vola-home.htm和 http://weather.rap.ucar.edu/surface/ station.txt）。我已经使用一些混合的awk，sed和bash脚本来操纵我的文件。我使用GEMPAK软件包使用这些文件来可视化数据，该软件包可从Unidata免费获得。最大的文件将与GEMPAK一起使用，但不能完全发挥作用。为此，需要一个联接。 文件1包含气象站的位置信息，其中前6位数字是唯一的站标识符。不同的参数（站号，站名，国家/地区代码，纬度和站高）仅由其在行中的位置定义，即没有制表符。 060090 AKRABERG FYR DN 6138 -666 101 060100 VAGA FLOGHAVN DN 6205 -728 88 060110 TORSHAVN DN 6201 -675 55 060120 KIRKJA DN 6231 -631 55 060130 KLAKSVIK HELIPORT DN 6221 -656 75 060160 HORNS REV A DN 5550 786 21 060170 HORNS REV B DN …

9 shell-script  text-processing  awk  columns  join 

我有一个如下文件。 abc, 12345 def, text and nos ghi, something else jkl, words and numbers abc, 56345 def, text and nos ghi, something else jkl, words and numbers abc, 15475 def, text and nos ghi, something else jkl, words and numbers abc, 123345 def, text and nos ghi, something else jkl, …

8 text-processing  command-line  awk  join  merge 

我想编写一个shell script获取两个文件A和的文件B，并得到如下结果： 档案A： user_a tel_a addr_a user_b tel_b addr_b 档案B： process_1 user_a process_2 user_a process_3 user_b 结果： user_a process_1 tel_a addr_a user_a process_2 tel_a addr_a user_b process_3 tel_b addr_b 我怎样才能做到这一点？awk或者是其他东西？

8 text-processing  awk  join