可视化具有一百万个顶点的图形

什么是用于可视化（绘制顶点和边）具有1000000个顶点的图的最佳工具？图中大约有50000条边。而且我可以计算单个顶点和边的位置。

我正在考虑编写一个程序来生成svg。还有其他建议吗？

我还建议使用Gephi软件（https://gephi.github.io），它似乎非常强大。使用一些额外的信息Gephi与大型网络，可以发现在这里，更普遍的，在这里。Cytoscape（http://www.cytoscape.org）是的替代方案Gephi，是另一个用于复杂网络分析和可视化的流行平台。

如果您想在R，Python或C / C ++中以编程方式使用网络（包括可视化），则可以检查igraph库的集合。说到R，您可能会发现以下有趣的博客文章：将R与Cytoscape一起使用（http://www.vesnam.com/Rblog/viznets1）和将R与Gephi一起使用（http://www.vesnam.com/） Rblog / viznets2）。

有关网络分析和可视化软件的广泛列表（包括一些比较和评论），您可能需要检查以下页面：1）http://wiki.cytoscape.org/Network_analysis_links；2）http://www.kdnuggets.com/software/social-network-analysis.html ; 3）http://www.activatenetworks.net/social-network-analysis-sna-software-review。

https://gephi.github.io/表示它可以处理100万条边。如果您的图形具有1000000个顶点，并且只有50000条边，那么您的大多数顶点将没有任何边。

实际上，Gephi规范是您的示例的对偶：“网络多达50,000个节点和1,000,000个边缘”

我认为，这Gephi可能会遇到内存不足的问题，您至少需要8Gb的RAM。尽管边缘的数量不是非常巨大。

在这种情况下，可能更合适的工具是GraphViz。它是用于网络可视化的命令行工具，并且可能会更容忍图形大小。而且，正如我记得的那样，GraphViz可以使用预先计算的坐标来简化计算。

我试图找到使用GraphViz大型图形的真实示例，但没有成功。尽管我发现了关于计算科学的类似讨论。

回报：我结束了对graphml的编码并使用yEd进行可视化（只是因为我熟悉这种组合。我敢打赌gephi或graphviz可以正常工作，甚至可能更好）。由于我计算了所有节点的位置，因此内存并不是一个大问题。与编码svg相比，对graphml进行编码要容易一些，因为我不必明确指定边的位置。

PajekXXL旨在处理庞大的网络。但是Pajek还是一个带有直观界面的怪异程序。

我建议使用Graphexp。Gephi高度依赖计算机的RAM，这显然受到限制。另一方面，Graphexp仅显示有限数量的节点，您可以通过这些节点导航到其他节点。我已经使用Graphexp作为UI以及具有HBase作为后端存储的Janusgraph可视化了具有7亿个顶点的图形。https://github.com/bricaud/graphexp

看一下Graphistry，他们可以处理1Mil节点和边。