人们是否有设施将纯文本导出到emacs orgmode作为研究工作流程的一部分，以组织其链接和注释？我听说zotxt很有用，是否有人对此有意见或有更好的意见？

没有一个工具，但是如果您同时使用Zotero和Emacs，有很多软件包可能会有所帮助。有各种 在线 教程，讨论如何根据个人作者的喜好设置这些组合。

我不会重复这些操作，而是尝试给出一个概述，因为从您的问题中尚不清楚您要做什么。

“研究工作流程”

首先，就研究文献而言，“研究工作流程”具有多个步骤，例如：

1. 添加书目项目（文章，书籍等）
2. 编辑项目的书目数据
3. 标记，分组和链接项目
4. 管理与项目关联的文件（例如PDF）
5. 创建项目注释
6. 搜索书目数据和注释
7. 在撰写论文时将引文插入文档中（您自己的论文）
8. 将引文分解为内联参考文献，脚注和书目以供出版

在“标准” Zotero中，Zotero执行1到6，而Zotero文字处理器插件执行7和8。

我建议先考虑一下您想要Emacs做什么，以及您对Zotero的喜欢。您可以完全在Emacs中管理书目并撰写科学论文。很多人做。代替Zotero的数据库，书目信息存储在Bib（La）Tex（.bib）文件中，并且引用添加到LaTeX，org或markdown文件中。

但是在我看来，Zotero在1-4（添加和管理数据）和6（具有非常快速而强大的搜索工具）方面具有特别的优势。注释（5）相对较弱，因为如果您习惯使用Emacs，则简单的文本编辑器会感到不舒服。而且，如果您在Emacs中撰写自己的论文，则需要执行任务7和8的任务。

一些套餐

将数据导入emacs

如果您将Emacs与Zotero并用，则Emacs需要某种方式来查看数据库中的内容。最好的方法是.bib从Zotero 导出Emacs具有广泛支持格式的文件。

这可以手动完成，但是像zotelo或fork 这样的软件包emacs-zotero-bib-fetch将使您可以.bib从Emacs中快速保持文件为最新。zotelo需要Mozrepl，Firefox Quantum 当前不支持 Mozrepl，因此我建议使用emacs-zotero-bib-fetch。

在emacs中查看数据

一旦你有一个.bib文件时，内置的包reftex，以及org-ref和helm-bibtex让你搜索你的书目数据。后一种软件包中的一个或两个可能很有帮助；他们从上面的列表中执行许多任务，包括做笔记的功能。

PDF及其批注

helm-bibtex在查找与书目项目链接的PDF时特别聪明，然后可以在Emacs中打开它们。pdf-tools是Emacs中出色的替代PDF查看器。它允许您查看和创建PDF文件中的注释。如果您喜欢以这种方式使用PDF文件，则zotfileZotero 的扩展名可以将注释自动提取到Zotero注释中。

笔记文件

helm-bibtex和org-ref包装都具有向书目项目添加注释的功能。这些存储为组织文件。

在完成对某个项目的注释后，我C-c C-e h o将导出HTML版本并将其复制并粘贴回Zotero作为注释，以便可以搜索。我还没有找到一种轻松的方式来做到这一点。

在写作时插入和解决引用

这部分取决于您编写的格式（org，reftex，markdown），部分取决于最终所需的格式（PDF，HTML）。

同样，无论是helm-bibtex和org-ref以及reftex允许插入引用到你写的这些类型的文件。

假设您正在使用org编写，则有（尚未）一种标准的引用语法，但是org-ref提供了一种。其他人只是直接在组织中使用LaTeX引用命令。

如果您的主要输出目标是PDF，那么org-mode自己的导出（通过LaTeX）可能是最简单的方法。

你提到zotxt; 我没有使用过它，但它似乎是用于解析和格式化纯文本文件中的引文的工具，包括对的支持pandoc。Pandoc markdown 确实具有标准的引用格式，并支持解析和格式化书目（使用CSL）。如果要主要导出为多种格式（例如HTML，markdown），则最好使用Pandoc。

通常，我使用emacs的组织模式来组织项目，任务和想法，但是Zotero在研究某些内容时有助于存储PDF /网站等资源。要将两者结合起来，很高兴能够从org-mode链接到Zotero中资源所在的位置。

这篇博客文章描述了一种获取Zotero URL的方法，该方法效果很好：

1. 将Zotero Select Item.js文件保存到Zotero数据目录translators内的文件夹中。
2. 重新启动Zotero
3. 打开“ 编辑”->“首选项”菜单项，然后选择“ 导出”选项卡。
4. 将“ 默认格式”设置为“ Zotero选择项目”（在列表的末尾附近），然后单击“确定”按钮。

现在，每当您在Zotero中查看项目时，如果按Ctrl+Alt+C（或Cmd+Shift+C在Mac上），则URL将被复制到剪贴板。该URL指向Zotero中的一个项目，并将打开Zotero来查看该项目。可以将URL粘贴到组织模式文件（或任何其他类型的文档）中。