有趣。如果将shapefile指定为遮罩，它将使用gdal_warp，并自动将-dstalpha添加到命令行选项。
现在，您可以复制出现在对话框底部的文本，然后将其粘贴到命令行窗口中，并删除-dstalpha选项。但这不是一个理想的解决方案，因此我建议您在QGIS错误跟踪器上提交票证以将其添加为选项。
作为一种替代选择，但要坚持使用命令行，您可以在两波段文件上运行gdal_translate，使用选项-b 1仅将第一波段用于输出。
我认为，带控制绝对值得在QGIS中拥有，因此可能值得将其作为所需的功能添加到Bug跟踪器中。