R-Markdown避免加载包消息

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我一直在通过R-Studio使用Knitr，并且认为它非常简洁。我有一个小问题。当我在R-Chunk中获取文件时，knitr输出包括如下外部注释：

+ FALSE Loading required package: ggplot2
+ FALSE Loading required package: gridExtra
+ FALSE Loading required package: grid
+ FALSE Loading required package: VGAM
+ FALSE Loading required package: splines
+ FALSE Loading required package: stats4
+ FALSE Attaching package: 'VGAM'
+ FALSE The following object(s) are masked from 'package:stats4':

我试图以各种方式设置R-chunk选项，但似乎仍无法避免该问题：

```{r echo=FALSE, cache=FALSE, results=FALSE, warning=FALSE, comment=FALSE, warning=FALSE} 
source("C:/Rscripts/source.R");

```

有什么办法可以注释掉这些消息？

— 罗阿克
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2

设置options(warn=-1)并返回到options(warn=0)Rmd的末尾。负责所有启动包消息。请注意，您将关闭警告，但仅在呈现Rmd时关闭。

— Dan Kalleward '17

268

您可以使用include=FALSE排除块中的所有内容。

```{r include=FALSE}
source("C:/Rscripts/source.R")
```

如果只想禁止显示消息，请message=FALSE改用：

```{r message=FALSE}
source("C:/Rscripts/source.R")
```

— 谢益辉
source

results不可能的事实FALSE是不幸的。我宁愿块选项results被分为results，hold和markup它都将是布尔值。las，这不是它的工作方式。

— 头

1

如果我们想全局关闭所有块的消息，该怎么办？

— Prasad Chalasani，2015年

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@PrasadChalasani knitr::opts_chunk$set(message = FALSE) yihui.name/knitr/options

— 艺辉谢

1

@head results可以是knitr 1.16 以来FALSE的别名（是的别名results="hide"）：github.com/yihui/knitr/issues/1360

— Xie

102

```{r results='hide', message=FALSE, warning=FALSE}
library(RJSONIO)
library(AnotherPackage)
```

请参阅Knitr文档中的块选项

— b
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12

这warning=FALSE是唯一对我有用的东西。绝对是在没有丑陋警告的情况下将块包含在输出中的最佳方法！

— 亚历克斯·米勒

如何为整个文档设置此设置？我是否必须手动将其放入每个块中？

— Fadwa

3

@Misaki参见上面Yihui关于knitr :: opts_chunk $ set（message = FALSE）的评论

— cbare

7

关于R Markdown的最佳解决方案是创建一个代码块，仅用于加载库并排除该块中的所有内容。

{r results='asis', echo=FALSE, include=FALSE,}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, warning=FALSE)
#formating tables
library(xtable)

#data wrangling
library(dplyr)

#text processing
library(stringi)

— 保罗·泰勒
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6

这是一个古老的问题，但这是另一种解决方法。

通过将source调用包装在，和/或中suppressPackageStartupMessages()，可以修改R代码本身而不是块选项。例如：suppressMessages()suppressWarnings()

```{r echo=FALSE}
suppressWarnings(suppressMessages(suppressPackageStartupMessages({
source("C:/Rscripts/source.R")
})
```

您还可以将这些函数library()放在"source.R"脚本内的调用周围。

— 暗语者
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