Questions tagged «rstudio»

如何通过RStudio更新R？

275 r  rstudio 

我在Windows上运行R，而不是以管理员身份运行。安装软件包时，以下命令不起作用： > install.packages("zoo") Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning in install.packages : 'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable 要安装软件包，我必须指定一个库位置： install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages") 要加载软件包，我还必须指定库位置： library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages") 所有这些都可以，但是我想看看是否可以C:/software/Rpackages以某种方式添加到库路径，因此不必每次都键入它。 当我在线搜索时，发现执行此操作的一种方法是编辑Rprofile.site文件并添加行 .libPaths("C:/software/Rpackages") 但是，执行此操作并启动RStudio之后，这是我得到的输出 > .libPaths() [1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library" 在.libPaths我加入命令Rprofile.site似乎并没有有任何影响！为什么会这样呢？更重要的是，如何解决该问题，以便无需键入库位置即可安装和加载软件包？ 注意：如果我启动RStudio，该.libPaths()命令似乎可以正常运行 .libPaths("C:/software/Rpackages") > .libPaths() [1] "C:/software/Rpackages" "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" 那不是很奇怪吗？

205 r  rstudio  r-faq  library-path 

我一直在通过R-Studio使用Knitr，并且认为它非常简洁。我有一个小问题。当我在R-Chunk中获取文件时，knitr输出包括如下外部注释： + FALSE Loading required package: ggplot2 + FALSE Loading required package: gridExtra + FALSE Loading required package: grid + FALSE Loading required package: VGAM + FALSE Loading required package: splines + FALSE Loading required package: stats4 + FALSE Attaching package: 'VGAM' + FALSE The following object(s) are masked from …

197 r  markdown  knitr  rstudio  r-markdown 

我想在一个较高的水平之间有什么区别，了解R Markdown和R NoteBook。我知道它们是相互关联的，但我想弄清楚它们之间是如何关联的。我的理解是这样的： 我知道R Notebooks实际上是R Markdown文档，但我对术语感到困惑。 RStudio新文件选项同时具有R Markdown和R NoteBook，选择两者中的任意一个都会打开R Markdown文件，但有微小差异。因此，只想弄清楚为什么会有两个选项，两者之间有什么区别？ 我了解R笔记本是新推出的，R Markdown已经存在了一段时间。造成这种混乱的部分原因可能是因为我从未R Markdown在R Notebook引入之前就使用过，所以我的相关或更具体的问题是 与仅使用R MarkDown相比，R NoteBook有何不同之处？R NoteBook带来了哪些新功能？ 我在网络搜索中获得的所有成功都表明R Notebook使用R Markdown，但是我没有发现两者之间有什么特别的帮助。

136 r  rstudio  knitr  r-markdown  rnotebook 

我最近从OSX Mountain Lion升级到优胜美地，从R 3.1.3升级到3.2。升级后，当我打开R或RStudio时，立即弹出消息，提示我需要安装rJavaJava6 。此外，加载或依赖rJava的任何软件包（例如xlsx）都导致RStudio崩溃（R也崩溃了）当我尝试通过打开R.app直接）。 在尝试了在Stack Overflow和其他地方（下面有更多详细信息）中找到的一些修复程序之后，我发现加载rJava或依赖的任何程序包rJava不再导致R崩溃，但是导致以下错误： library(rJava) Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so': dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so Reason: image not found Error: package or namespace load failed for …

122 java  r  rstudio  rjava  macos-high-sierra 

我正在使用RStudio编写降价文档，并希望在文档顶部添加目录（TOC），以便用户可以单击相关部分进行阅读。在rpubs上有一些相关的例子，但是现在我似乎找不到它们。请注意，我不使用＆是＆的pandoc新手。有没有不用添加任何TOC的方法？如果必须使用，那么哪些功能是相关的？Rmdknitrpandocpandoc 编辑 这是一个小的示例页面： --- title: "Sample Document" output: html_document: toc: true theme: united --- Header 1 --------------- This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>. ## Header 2 When …

88 r  rstudio  r-markdown 

我想知道如何rmarkdown在同一个文档中生成同时具有纵向和横向布局的pdf。如果有一个纯粹的rmarkdown选择，那将比使用乳胶更好。 这是一个小的可复制示例。首先，.Rmd在RStudio中渲染此图像（按“编织PDF”按钮）将生成pdf，所有页面均采用横向布局： --- title: "All pages landscape" output: pdf_document classoption: landscape --- ```{r} summary(cars) ``` \newpage ```{r} summary(cars) ``` 然后尝试创建混合纵向和横向布局的文档。中的基本设置YAML是根据此处的“包含”部分完成的。该in_header文件“header.tex”只包含\usepackage{lscape}，建议一揽子knitr景观布局在这里。该.tex文件与该文件位于同一目录中.Rmd。 --- title: "Mixing portrait and landscape" output: pdf_document: includes: in_header: header.tex --- Portrait: ```{r} summary(cars) ``` \newpage \begin{landscape} Landscape: ```{r} summary(cars) ``` \end{landscape} \newpage More portrait: ```{r} summary(cars) ``` 但是，此代码导致错误： …

84 r  pdf  rstudio  knitr  r-markdown 

我对Rstudio有一个奇怪的问题：如果脚本调用ggplot2函数来显示图，那么使用Source运行脚本不会生成图。如果我选择与整个脚本Ctrl+A，然后运行当前行或选择（Ctrl+Enter），然后剧情确实显示。同样，在控制台中键入绘图命令会产生正确的输出。 例如： library(ggplot2) p = ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) p + geom_point() 仅在粘贴到控制台中时才会产生输出，而在源中则不会产生输出。 关于此还有其他问题，但都无济于事： ggplot2 ggsave函数导致图形设备不正确显示绘图，声称该问题已在较新版本中解决，但尚未解决。 RStudio - ggplot打印和保存在脚本中多条曲线时不保存第一条曲线被关闭为重复，但它不仅是不重复的，但dev.off()解决办法不是没有工作（” Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device)“） 采购脚本时，如何使Rstudio显示图？我正在使用Rstudio 0.98.1062和R 3.1.1。

80 r  ggplot2  rstudio 

因此，我正在使用RStudio并将文件存储在Google云端硬盘（系统上带有文件夹的版本，就像Dropbox一样）。我之所以使用它，是因为它提供了比Dropbox更多的免费空间，而我正在处理的项目需要该空间。 当我尝试编写任何文档（R脚本，RMarkdown文件等）时，都会遇到标题中提到的错误。使用Dropbox不会发生这种情况。我已经找到了针对Dropbox的此问题的答案，但解决方案（告诉Dropbox不同步Rproj文件）似乎不适用于Google云端硬盘（如果适用，请纠正我）。 目前，我正在暂停Google云端硬盘，这很好，但是我经常忘记恢复它，这会令人头疼。 谢谢你的帮助！

78 google-drive-api  rstudio 

考虑以下琐碎的Dockerfile： FROM debian:testing RUN adduser --disabled-password --gecos '' docker RUN adduser --disabled-password --gecos '' bob 在没有其他任何工作目录中。构建docker映像： docker build -t test . 然后在容器上运行bash脚本，将工作目录链接到bob的主目录上的新子目录中： docker run --rm -it -v $(pwd):/home/bob/subdir test 谁拥有subdir容器中的物品？在容器上，运行： cd /home/bob/subdir ls -l 我们看到的广告： -rw-rw-r-- 1 docker docker 120 Oct 22 03:47 Dockerfile 圣烟！docker拥有内容！回到容器外部的主机上，我们看到原始用户仍然拥有Dockerfile。让我们尝试修复bobhome目录的所有权。在容器上，运行： chown -R bob:bob /home/bob ls …

76 linux  docker  permissions  rstudio 

我想在RStudio控制台上打印一个长字符串，以便它不会被截断。 > paste(1:300, letters, collapse=" ") [1] "1 a 2 b 3 c 4 d 5 e 6 f 7 g 8 h 9 i ... 181 y 182 z 183 a 184 b... <truncated> 我以为这应该很简单，但是我不知道怎么做。我试过了 options(max.print = 10000) 并浏览了print帮助页面上的参数。仍然没有运气。 为了达到此目的，我必须更改哪些参数/设置？

71 r  rstudio  settings  output-formatting 

RStudio中是否可以自动格式化代码？ 我找到了，但是它没有与RStudio连接。 还希望它是可定制的格式。

71 r  rstudio  autoformatting 

在Rstudio 0.96中的R Markdown文件上按“编织HTML”时，运行什么命令？ 我的动机是，当我在另一个文本编辑环境中时，我可能想运行相同的命令，或者我可能希望在更大的命令中组合该命令makefile。

70 r  rstudio  knitr  r-markdown