在Rprofile.site中使用.libPaths更改R默认库路径无法正常工作

我在Windows上运行R，而不是以管理员身份运行。安装软件包时，以下命令不起作用：

> install.packages("zoo")
Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable

要安装软件包，我必须指定一个库位置：

install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages")

要加载软件包，我还必须指定库位置：

library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages")

所有这些都可以，但是我想看看是否可以C:/software/Rpackages以某种方式添加到库路径，因此不必每次都键入它。

当我在线搜索时，发现执行此操作的一种方法是编辑Rprofile.site文件并添加行

.libPaths("C:/software/Rpackages")

但是，执行此操作并启动RStudio之后，这是我得到的输出

> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

在.libPaths我加入命令Rprofile.site似乎并没有有任何影响！为什么会这样呢？更重要的是，如何解决该问题，以便无需键入库位置即可安装和加载软件包？

注意：如果我启动RStudio，该.libPaths()命令似乎可以正常运行

.libPaths("C:/software/Rpackages")
> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"

那不是很奇怪吗？

我通常会尝试将所有软件包都保存在一个库中，但是如果要添加一个库，为什么不将新库（文件系统中必须已经存在）添加到现有库路径中呢？

.libPaths( c( .libPaths(), "~/userLibrary") )

或者（这将使userLibrary成为放置新软件包的第一位）：

.libPaths( c( "~/userLibrary" , .libPaths() ) )

然后我得到了（至少回到最初写此书时）：

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library"
[2] "/Users/user_name/userLibrary"  

该.libPaths功能与大多数其他非图形功能有所不同。它通过副作用起作用。这些函数Sys.getenv以及Sys.setenv报告和更改R环境变量的内容已分开，但.libPaths可以报​​告或更改其目标。

可以在?Startup帮助页面上阅读有关R启动过程的信息，并在以下位置找到RStudio资料：https : //support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200549016-Customizing-RStudio

在您的情况下，似乎RStudio不遵守Rprofile.site设置，或者通过从RStudio默认值之一读取.Rprofile设置来覆盖它们。还应该提到的是，此操作的结果还将调用内容附加到.Library和.Library.site，这是托管RStudio（或安装了任何其他IDE或网络）的R可能表现出不同行为的进一步原因。

由于Sys.getenv()返回了R进程的当前系统环境，因此可以通过以下方式查看库和其他路径：

Sys.getenv()[ grep("LIB|PATH", names(Sys.getenv())) ]

存储和访问软件包的两个重要方面是不同的（现在在Linux机器上是不同的）：

R_LIBS_SITE                          /usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library
R_LIBS_USER                          /home/david/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5.1/

正确的解决方案是将环境变量设置R_LIBS_USER为所需库文件夹的文件路径的值，而不是让RStudio识别Rprofile.site文件。

要R_LIBS_USER在Windows中设置环境变量，请转到控制面板（系统属性->高级系统属性->环境变量->用户变量）为所需的值（库文件夹的路径），例如

Variable name: R_LIBS_USER 
Variable value: C:/software/Rpackages  

设置R_LIBS_USER将确保该库首先在.libPaths（）中显示，而不管直接启动RStudio还是右键单击文件并单击“打开方式”启动RStudio。

如果始终通过单击RStudio快捷方式启动RStudio，则Rprofile解决方案可以工作。在这种情况下，将默认工作目录设置为Rprofile所在的目录就足够了。单击文件以启动RStudio时，Rprofile解决方案不起作用，因为这会将工作目录从默认工作目录更改为。

通过将代码放在.Rprofile默认工作目录中的文件中，我设法解决了该问题。

首先，我找到了默认工作目录的位置

> getwd()
[1] "C:/Users/me/Documents"

然后，我使用文本编辑器编写了一个.Rprofile包含以下行的简单文件

.libPaths("C:/software/Rpackages")

最后，当我启动R并运行时，将.libPaths()得到所需的输出：

> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

/superuser/749283/change-rstudio-library-path-at-home-directory

编辑〜/ .Renviron

R_LIBS_USER=/some/path

我在这里发现了我认为的解决方案（感谢SFU的Carl Schwarz），以添加一个永久性的个人库（您不必在每次会话中都对其进行定义），以识别是否使用R或Rstudio，并且Rstudio将其视为在我的Mac机器上默认。我没有看到它在SO上明确地列出了这一点，所以我总结了它们为Windows和Mac提供的步骤。

对于Windows 7操作系统：

1. 在要拥有个人库的驱动器上创建一个目录，例如C：\ User \ Rlibs（或您有权访问的另一个目录）

2. 在Windows搜索栏中搜索/转到“为您的帐户编辑环境变量”以编辑控制面板设置

3. 单击“环境变量”窗口中间的“新建...”

4. 在“新用户变量”窗口中，为“变量名称” 键入R_LIBS，并输入创建的个人库目录的路径，例如C：\ User \ Rlibs

5. 单击确定，您应该在用户变量窗口中看到变量/值对。

6. 再次单击确定

现在，当您启动R（或Rstudio）并键入命令时，.libPaths()您应该会看到您创建的个人库以及R系统库。

对于Mac：

1. 在“主目录”或“用户名”目录中，创建一个名为Rlibs的文件夹

2. 启动终端应用程序

3. 类型：echo "R_LIBS=~/Rlibs"> .Renvrion确保大小写匹配。

4. 键入ls -a以查看目录中文件的完整列表，该目录现在应包含.Renvrion

5. 验证.Renviron文件是否已正确设置：more .Renviron

启动R / Rstudio并键入.libPaths()，您应该会看到通往个人库的新路径。

如果您没有管理员权限，则打开\ R-3.1.0 \ etc中的Rprofile.site-file 并添加以下内容也可能会有帮助：

.First <- function(){
  .libPaths("your path here")
}

这将.libPath()在启动时直接评估命令

我很难理解这一点。上次重新安装OS＆Rstudio时，gorkypl提供了上述正确的解决方案，但是这次，设置环境变量无法解决。

卸载R和Rstudio，创建目录C：\ R和C：\ Rstudio，然后重新安装。

将R_LIBS_USER用户变量定义到您的首选目录（根据gorkypl的回答），然后重新启动计算机以加载User变量。打开Rstudio，错误应该消失了。

您也可以Sys.setenv()将R_LIBS_USER修改为备用库的路径，这更容易，不需要重新启动计算机。

要查看R_LIBS_USER设置为什么： ?Sys.getenv()

阅读help(Startup)很有用。

如果在安装新版本的R后或通过其他任何方式更改了默认软件包库，则可以在以下命令的帮助下附加这两个库以使用所有软件包。获取现有的库路径：

.libPaths()

现在，设置现有路径和旧路径：

.libPaths(c(.libPaths(), "~/yourOldPath"))

希望能帮助到你。

只需在没有管理员权限的目录中更改R库的默认文件夹，例如

.libPaths("C:/R/libs")

我读了自述文件。他们提到在命令行中使用.libPaths（）来检查其中存在哪些路径。我之前有2个库路径。当我在需要的地方使用命令.libpath（“ C：/ Program Files / R / R-3.2.4revised / library”）时，它更改了库路径。当我再次在命令行中输入.libPaths（）时，它向我显示了正确的路径。希望这可以帮助

在Ubuntu上，建议的更改用户默认库路径的方法是R_LIBS_USER在~/.Renviron文件中设置变量。

touch ~/.Renviron
echo "R_LIBS_USER=/custom/path/in/absolute/form" >> ~/.Renviron

getwd()
# [1] "C:/Users/..../software/My R studio"

用双引号逗号复制上面的链接

.libPaths(new="C:/Users/..../software/My R studio")

您的默认路径将更改以安装包装

如果要永久更改您的库路径（在输入R时无需每次都调用.libPath（），那么这对我有用：

1. 在您的主目录下创建.Rprofile。（〜/ .Rprofile）

2. 输入 .libPaths(c( .libPaths(), "your new path" )) .Rprofile文件，保存。

3. 打开R（任何目录）并检查，只需键入.libPaths()，即可发现您的libaray路径已更新！

我一直在研究这个问题，因为R在安装到默认位置时遇到了问题，而只是将软件包放入temp文件夹中。事实证明，这是Mcaffee Endpoint Security的最新更新，显然是R的问题。您可以在安装软件包时禁用威胁防护，然后它将正常运行。