读取并解析TSV文件,然后对其进行处理以保存为CSV(*高效*)


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我的源数据在一个TSV文件中,包含6列和超过200万行。

这是我要完成的工作:

  1. 我需要读取此源文件中3列(3、4、5)中的数据
  2. 第五列是整数。我需要使用此整数值来复制行条目,并使用第三和第四列中的数据(按整数倍)。
  3. 我想将#2的输出写入CSV格式的输出文件。

以下是我想到的。

我的问题:这是一种有效的方法吗?尝试进行200万行时,它似乎很密集。

首先,我制作了一个示例选项卡单独的文件以供使用,并将其命名为“ sample.txt”。它是基本的,只有四行:

Row1_Column1    Row1-Column2    Row1-Column3    Row1-Column4    2   Row1-Column6
Row2_Column1    Row2-Column2    Row2-Column3    Row2-Column4    3   Row2-Column6
Row3_Column1    Row3-Column2    Row3-Column3    Row3-Column4    1   Row3-Column6
Row4_Column1    Row4-Column2    Row4-Column3    Row4-Column4    2   Row4-Column6

然后我有这段代码:

import csv 

with open('sample.txt','r') as tsv:
    AoA = [line.strip().split('\t') for line in tsv]

for a in AoA:
    count = int(a[4])
    while count > 0:
        with open('sample_new.csv', 'a', newline='') as csvfile:
            csvwriter = csv.writer(csvfile, delimiter=',')
            csvwriter.writerow([a[2], a[3]])
        count = count - 1

Answers:


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您应该使用该csv模块读取制表符分隔的值文件。不要读入内存中一气呵成。毕竟,您阅读的每一行都有将行写入输出CSV文件所需的所有信息。始终使输出文件保持打开状态。

import csv

with open('sample.txt', newline='') as tsvin, open('new.csv', 'w', newline='') as csvout:
    tsvin = csv.reader(tsvin, delimiter='\t')
    csvout = csv.writer(csvout)

    for row in tsvin:
        count = int(row[4])
        if count > 0:
            csvout.writerows([row[2:4] for _ in range(count)])

或者,使用itertools模块重复以下操作itertools.repeat()

from itertools import repeat
import csv

with open('sample.txt', newline='') as tsvin, open('new.csv', 'w', newline='') as csvout:
    tsvin = csv.reader(tsvin, delimiter='\t')
    csvout = csv.writer(csvout)

    for row in tsvin:
        count = int(row[4])
        if count > 0:
            csvout.writerows(repeat(row[2:4], count))

1
很抱歉,我的无知,但是最后一行的下划线是什么意思?
塞缪尔·兰帕

4
@SamuelLampa:它只是一个占位符;它是像i或的普通变量counter,但是在这种情况下,这意味着我不在乎这个循环变量的值是什么,因为我还是忽略了它
马丁·彼得斯

@MartijnPieters,好的,谢谢!(怀疑,但是不确定是否对数组索引进行了一些魔术操作。)
Samuel Lampa 2013年

3
@SamuelLampa:换句话说,按照惯例,它用于必须有分配目标但又想忽略分配值的地方。您也可以在元组拆包中看到它:name, _, _, score = line.split()例如,忽略分隔线的两个中间值。
马丁·彼得斯
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