无痛方式安装新版本的R？

最近，安德鲁·盖尔曼（Andrew Gelman）对R缺乏便捷的升级过程感到遗憾（R在Windows上比Linux更为重要）。从安装软件到复制所有设置/软件包，是否有人有进行升级的好技巧？

该建议包含在评论中，这是我最近一直在使用的建议。首先，您安装新版本，然后在旧版本中运行它：

#--run in the old version of R
setwd("C:/Temp/")
packages <- installed.packages()[,"Package"]
save(packages, file="Rpackages")

随后在新版本中：

#--run in the new version
setwd("C:/Temp/")
load("Rpackages")
for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
install.packages(p)

仅出于完整性考虑，有一些方法可以防止出现此问题。如Dirk所说，将软件包保存在计算机上的另一个目录中。

install.packages("thepackage",lib="/path/to/directory/with/libraries")

您可以更改默认.Library使用的函数值.libPaths太

.libPaths("/path/to/directory/with/libraries")

这会将路径作为.Library变量的第一个值，并将其作为默认值。

如果要进一步自动执行此操作，可以在Rprofile的/ etc /目录中的Rprofile.site文件中指定它。然后，它将在每次加载R时自动加载，您不必再为此担心。您可以只从指定目录安装和加载软件包。

最后，我在Rprofile.site中包含一些小代码，允许我在安装新的R版本时重新安装所有软件包。您只需要列出它们，然后再更新到新的R版本。我使用包含所有软件包的更新列表的.RData文件来执行此操作。

library(utils)

## Check necessary packages
load("G:\Setinfo\R\packagelist.RData") # includes a vector "pkgs"
installed <- pkgs %in% installed.packages()[, 'Package']
if (length(pkgs[!installed]) >=1){
  install.packages(pkgs[!installed])
}

我通过.Last()在Rprofile.site中指定来创建packagelist.RData 。如果我安装了一些软件包，这将更新软件包列表：

.Last <- function(){
  pkgs <- installed.packages()[,1]
  if (length(pkgs) > length(installed)){
    save(pkgs,file="G:\Setinfo\R\packagelist.RData")
  }
}

当我安装新的R版本时，只需将必要的元素添加到Rprofile.site文件中，然后重新安装所有软件包。无论如何，我都必须调整Rprofile.site（使用总和，为Tinn-R添加额外的代码，这些事情），所以这并不是真正的额外工作。重新安装所有软件包只需要花费额外的时间。

最后一点等同于原始问题中给出的解决方案。我只是不需要担心首先获得“已安装”列表。

同样，如果您没有从CRAN安装的软件包，这将无法正常工作。但是此代码也很容易扩展以包括这些代码。

这当然是一个古老的问题，但是我刚刚发现了一个新的简单答案（仅适用于Windows）。

install.packages("installr")
require(installr)
updateR()

最好的方法是从RGui系统。您所有的软件包都将被转移到新文件夹，而旧的软件包将被删除或保存（您可以选择其中一个）。然后，再次打开RStudio后，它会立即识别出您正在使用更新的版本。对我来说，这就像一种魅力，

有关{installr}的更多信息，请参见此处。

西蒙

两个快速建议：

1. 使用Gabor的批处理文件，据说该批处理文件包含有助于批量存储库重定位的工具。警告：我没有使用过它们。

2. 不要在已安装的R版本的“文件树”中安装库。在Windows上，我可以将R放入C：/ opt / R / R- $ version，但使用以下代码片段将所有库放入C：/ opt / R / library /，因为这首先可以缓解问题：

$ cat .Renviron         # this is using MSys/MinGW which looks like Cygwin  
## Example .Renviron on Windows    
R_LIBS="C:/opt/R/library"

如果您有非CRAN的软件包，则上面建议的方法将无法完全起作用。例如，个人软件包或从非CRAN站点下载的软件包。

我在Windows上的首选方法（将2.10.1升级到2.11.0）：

1. 安装R-2.11.0
2. 复制R-2.10.0/library/*到R-2.11.0/library/
3. 在提示您回答是否可以覆盖时，对提示回答“否”。
4. 开始R 2.11.0
5. 运行R命令 update.packages()

关于问题中给出的解决方案，如果您已经安装了新版本的R，运行旧版本的R可能并不容易。在这种情况下，您仍然可以按照以下步骤重新安装先前R版本中所有缺少的软件包。

# Get names of packages in previous R version
old.packages <- list.files("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")

# Install packages in the previous version. 

# For each package p in previous version...
    for (p in old.packages) {
      # ... Only if p is not already installed
      if (!(p %in% installed.packages()[,"Package"])) {
        # Install p 
        install.packages(p) 
      }
    }

（请注意，list.files()代码第一行中的参数to 应该是您先前R版本的库目录的路径，其中先前版本中所有软件包的文件夹都在其中。在我当前的情况下，这是"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library"。如果您先前的R版本不是3.2，或者您使用的是Windows。）

该if语句确保在以下情况下未安装软件包

• 它已经安装在新的R版本中，或者
• 已作为依赖项从for循环的先前迭代中安装的软件包中安装。

根据Dirk的建议，以下是一些在Windows上执行的R代码： 如何在Windows XP上轻松升级R

更新（15.04.11）：我写了另一篇有关该主题的文章，解释了如何处理在Windows 7上升级R的常见问题

两种选择：

1. 在这里实施我的答案
2. 如果您在带有StatET的Eclipse下使用R，请打开“运行配置”，单击“ 控制台”选项卡，然后在启动后运行的名为“ R片段运行”的框中，添加以下行并选择目录：.libPaths("C:/R/library")

我使用的是Windows 8，出于某些奇怪的原因，我永远无法使用Internet连接安装软件包。

我通常使用CRAN的.zip文件进行安装。

从R 3.2.5转到R 3.3.1之后。

我只是从复制了软件包

C:\Path\to\packa\R\win-library\3.2到C:\Path\to\packa\R\win-library\3.3。

然后，我重新启动了R会话。工作完美。我没有检查所有软件包是否运行良好。但是，我检查的那些工具运行良好。希望此技巧适用于所有人。

干杯。

如果您有远见，可以接受已接受的答案，但是我已经摆脱了旧版本，因此无法遵循这些指示。下述步骤适用于OSX从2.1和3.1升级。

更新：要获取最新版本的目录（而不是输入3.1或3.2），可以使用以下命令。直接在第二个转换为R-变量，跳过.和..和.DS_Store，使用：

OLD=$(ls -d /Library/Frameworks/R.framework/Versions/*.* |tail -n 2 | head -n 1)Resources/library/
echo "packages = c(\"`ls $OLD | tail +4| paste -s -d ',' - | sed -E 's|,|\",\"|'g`\")" | tr -d "/" 

（添加|pbcopy到最后直接将其复制到Mac剪贴板中）

然后，您可以在R中粘贴所生成的变量。一旦在新版本的R中定义了它，您就可以按照上述说明循环浏览已安装的软件包...

for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
   install.packages(p, dependencies=TRUE, quiet=TRUE, ask=FALSE)

对我来说，此页面很好 https://www.r-statistics.com/2013/03/updating-r-from-r-on-windows-using-the-installr-package/ 或其他选择只是安装新的选项，最后放到您的电脑上，例如在Windows中

.libPaths（c（“ D：/Documents/R/win-library/3.2，” C：/ Program Files / R / R-3.2.3 / library“，” C：/ Program Files / R / R-3.2 .0 / library”，“ D：/Documents/R/win-library/2.15”）

在我的情况下，最后一个版本的每个路径我始终都将第一个路径固定为“ D：/Documents/R/win-library/3.2”，然后我将另一个放置，因为您不需要复制或移动任何软件包，我的名字叫它

linux+ bash+ debian+ apt用户：

1. 如果您要安装/升级到的最新版本R，则我们可能会假设您具有root权限。（不是必需的，只是使过程变得简单得多；为了保持一致性，下面的脚本sudo用于所有安装。）由于R软件包也是由安装的root，因此可以将它们放置在中/usr/local/。

2. 下面的调用curl假定您已经对最新的不稳定版本（根据构建/检查软件包的要求）的sid发布感兴趣，例如RR

   cat /etc/apt/sources.list | grep 'sid' || exit 1

   尽管可以很容易地用最近稳定的版本代替，例如buster。

3. 请注意，我不使用钥匙如一般建议。这不是必需的，尤其是（如下面的脚本中）我们在 R其内部安装软件包时（Rscript -e如下所示）。而且，这样的密钥每隔几年就会断裂/改变。因此，当然欢迎您在以下文件中添加以下序言R.sh：

   sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com \ --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

4. 该array的R包显然不是全部，但给出了一些例子，我个人觉得非常有用。如下所示，使用该debian软件包进行全新的安装/升级r-recommended应提供所有标准“推荐”软件包（例如survival）的最新版本。我相信CRAN版本与相关debian软件包的更新之间可能会略有滞后。因此，array如果必须具有最新版本的“推荐” R软件包，则不妨在其中添加以下内容。

5. 以下过程中安装的debian软件包也不是必不可少的（使用r-base），也不是详尽无遗的，但是没有提供。对于“合理”数量而言很重要的“附加组件” 的R包。

无论如何...将以下内容放入R.sh：

sudo apt update && sudo apt --yes full-upgrade
sudo apt install --yes libappstream4 curl
### ov1 = online version; lv1 = local version (i.e. currently installed)
ov1=$(curl --silent --url https://packages.debian.org/sid/r-base |
    grep 'meta name=\"Keywords\"' |
    grep --only-matching '[0-9].*[0-9]') ; echo $ov1
## command -v = print a description of COMMAND similar to the `type' builtin
## && = if prior command succeeds, then do; || = if prior fails, then do
command -v 'R --version' &&
    lv1=$(R --version |
              grep --only-matching '[0-9\.]*[0-9]' |
              ## || = otherwise
              head -1) ||
        lv1=0
## 'lt' = less than
if dpkg --compare-versions "$lv1" 'lt' "$ov1" 
then ## declare -a = indexed array
     declare -a deb1=('r-base' 'r-base-dev' 'r-recommended')
     for i in "${deb1[@]}"
     do sudo apt install --yes "$i"
     done
fi
### certain Debian packages are required by 'R' so best have these first
sudo apt install --yes ccache libcairo2-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev \
     libssl-dev liblapack-dev libssl-dev
declare -a pkg1=('data.table' 'ggplot2' 'knitr' 'devtools' 'roxygen2')
## installing as 'root' so these are installed in
Rscript -e ".libPaths()[1]"
for i in "${pkg1[@]}"
do sudo Rscript -e "install.packages('$i', dependencies=TRUE)"
done
### other useful additions
sudo apt install --yes libblas-dev libboost-dev libarmadillo-dev \
     jags pandoc pandoc-citeproc 
sudo apt update && sudo apt full-upgrade

然后执行它，例如假设已经在目录中：source R.sh。

从shell循环一个接一个地安装软件包（无论是debian还是R）效率不高，但是允许更简单地跟踪错误，恕我直言。可能需要一些时间，具体取决于否。的包，所以也许最简单，让通宵运行...R