确定执行脚本的路径

我有一个名为的foo.R脚本other.R，其中包括另一个脚本，该脚本位于同一目录中：

#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")

但无论当前工作目录是什么，我都想R找到它other.R。

换句话说，foo.R需要知道自己的路径。我怎样才能做到这一点？

这里有一个简单的解决方案。该命令：

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

返回当前脚本文件的路径。保存脚本后，它可以工作。

您可以使用该commandArgs函数获取Rscript传递给实际R解释器的所有选项，并搜索它们--file=。如果您的脚本是从路径启动的，或者是通过完整路径script.name启动的，则下面的脚本将以开头'/'。否则，它必须是相对于的cwd，您可以合并两个路径以获得完整路径。

编辑：听起来您只需要script.name上面的内容，并剥离路径的最后一部分。我已经删除了不需要的cwd()示例并清理了主脚本并发布了我的other.R。只需将脚本和other.R脚本保存到相同的目录中chmod +x，然后运行主脚本即可。

main.R：

#!/usr/bin/env Rscript
initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)
other.name <- file.path(script.basename, "other.R")
print(paste("Sourcing",other.name,"from",script.name))
source(other.name)

其他R：

print("hello")

输出：

burner@firefighter:~$ main.R
[1] "Sourcing /home/burner/bin/other.R from /home/burner/bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ bin/main.R
[1] "Sourcing bin/other.R from bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ cd bin
burner@firefighter:~/bin$ main.R
[1] "Sourcing ./other.R from ./main.R"
[1] "hello"

我相信这是dehmann所寻找的。

从R控制台“来源”时，我无法使用Suppressingfire的解决方案。
使用Rscript时，我无法获得hadley的解决方案。

两全其美？

thisFile <- function() {
        cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
        needle <- "--file="
        match <- grep(needle, cmdArgs)
        if (length(match) > 0) {
                # Rscript
                return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
        } else {
                # 'source'd via R console
                return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
}

frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])

但是不要问我它是如何工作的，因为我已经忘了：/

这对我有用

library(rstudioapi)    
rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path

rakensi的答案来自 R脚本的获取路径中获得是最正确，最出色的恕我直言。然而，它仍然是结合了虚拟功能的黑客。我在这里引用它，以便其他人更容易找到它。

sourceDir <-getSrcDirectory（function（dummy）{dummy}）

这给出了放置语句的文件的目录（定义了伪函数的位置）。然后可以使用它来设置工作目录并使用相对路径，例如

setwd(sourceDir)
source("other.R")

或创建绝对路径

 source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))

我合而为一！（--01 / 09/2019更新为可以处理RStudio控制台）

#' current script file (in full path)
#' @description current script file (in full path)
#' @examples
#' works with Rscript, source() or in RStudio Run selection, RStudio Console
#' @export
ez.csf <- function() {
    # http://stackoverflow.com/a/32016824/2292993
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript via command line
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName))
        } else {
            if (!is.null(sys.frames()[[1]]$ofile)) {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
            } else {
                # RStudio Run Selection
                # http://stackoverflow.com/a/35842176/2292993
                pth = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
                if (pth!='') {
                    return(normalizePath(pth))
                } else {
                    # RStudio Console
                    tryCatch({
                            pth = rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
                            pth = normalizePath(pth)
                        }, error = function(e) {
                            # normalizePath('') issues warning/error
                            pth = ''
                        }
                    )
                    return(pth)
                }
            }
        }
    }
}

Supressingfire的答案的缩小版本：

source_local <- function(fname){
    argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
    source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}

这对我有用。只需将其从命令行参数中移出，去除不需要的文本，执行目录名，最后从中获取完整路径：

args <- commandArgs(trailingOnly = F)  
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))

我已经总结了该问题的答案，并将其扩展到rprojroot中的新函数thisfile()中。也可以用编织。knitr

我喜欢steamer25的解决方案，因为它对于我的目的而言似乎是最可靠的。但是，在RStudio中（在Windows中）调试时，路径设置不正确。原因是，如果在RStudio中设置了断点，则获取文件时将使用备用的“调试源”命令，该命令将脚本路径设置为稍有不同。这是我当前正在使用的最终版本，它在调试时说明了RStudio中的这种替代行为：

# @return full path to this script
get_script_path <- function() {
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName)) 
        } else {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
    }
}

我从这个问题尝试了几乎所有东西，获取R脚本的路径，获取当前脚本的路径，查找当前.R文件的位置以及用于在Rstudio中将工作目录设置为源文件位置的R命令，但最后发现自己是手动的浏览CRAN表并找到

scriptName 图书馆

它提供了current_filename()功能，当在RStudio中进行采购以及通过R或RScript可执行文件进行调用时，该函数将返回脚本的正确完整路径。

我也遇到了这个问题，上面的解决方案都不适合我。也许带有source或之类的东西，但还不够清楚。

对于我来说，我找到了一个优雅的解决方案：

paste0(gsub("\\", "/", fileSnapshot()$path, fixed=TRUE),"/")

重要的是，fileSnapshot()它可以为您提供有关文件的大量信息。它返回8个元素的列表。当您选择path作为列表元素时，该路径将\\作为分隔符返回，因此其余代码只是用于更改它。

我希望这有帮助。

您可以将r脚本包装在bash脚本中，并以bash变量的形式检索脚本的路径，如下所示：

#!/bin/bash
     # [environment variables can be set here]
     path_to_script=$(dirname $0)

     R --slave<<EOF
        source("$path_to_script/other.R")

     EOF

我喜欢这种方法：

this.file <- sys.frame(tail(grep('source',sys.calls()),n=1))$ofile
this.dir <- dirname(this.file)

我自己解决了这个问题。为确保脚本的可移植性，始终以以下内容开头：

wd <- setwd(".")
setwd(wd)

之所以有效，是因为“。” 像Unix命令$ PWD一样进行翻译。将此字符串分配给字符对象后，您便可以将该字符对象插入到setwd（）中，并且Presto您的代码将始终以其当前目录作为工作目录运行，无论它在谁的机器上或在文件结构中的哪个位置位于。（额外的好处：wd对象可以与file.path（）（即file.path（wd，“ output_directory”）一起使用，以允许创建标准输出目录，而不管指向您命名目录的文件路径如何。这确实需要您在以这种方式引用之前创建新目录，但是wd对象也可以提供帮助。

或者，以下代码执行的操作完全相同：

wd <- getwd()
setwd(wd)

或者，如果您不需要对象中的文件路径，则可以简单地：

setwd(".")

请注意，getopt包提供了该get_Rscript_filename功能，该功能仅使用此处介绍的相同解决方案，但是已经在标准R模块中为您编写了该功能，因此您不必将“获取脚本路径”功能复制并粘贴到每个脚本中你写。

看到findSourceTraceback()所述的R.utils包，它

在所有调用帧中查找source（）生成的所有“ srcfile”对象。这样就可以找出当前由source（）编写脚本的文件。

我的脚本是通过符号链接目录操作的，因此上述实现方式存在问题，或者至少这就是为什么我认为上述解决方案不适用于我。按照@ennuikiller的回答，我将Rscript打包在bash中。我使用设置了路径变量pwd -P，该变量可解析符号链接的目录结构。然后将路径传递到Rscript。

Bash.sh

#!/bin/bash

# set path variable
path=`pwd -P`

#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path

foo.R

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)

我将使用@ steamer25的方法的变体。关键是，即使我的会话是通过Rscript启动的，我也希望获得最后一个源脚本。以下代码段包含在文件中时，将提供一个thisScript包含脚本规范化路径的变量。我承认对源代码使用的滥用，因此有时我调用Rscript，并且自--file变量中提供的脚本会从另一个脚本中获取另一个脚本……有一天，我将投资使我的凌乱代码变成一个包。

thisScript <- (function() {
  lastScriptSourced <- tail(unlist(lapply(sys.frames(), function(env) env$ofile)), 1)

  if (is.null(lastScriptSourced)) {
    # No script sourced, checking invocation through Rscript
    cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle <- "--file="
    match <- grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
      return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match]), winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
    }
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(lastScriptSourced, winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
  }
})()

您可能只使用99％的情况：

sys.calls()[[1]] [[2]]

对于脚本不是第一个参数（即）的疯狂调用，它将不起作用source(some args, file="myscript")。在这些奇特的案例中使用@ hadley's。

Steamer25的方法有效，但前提是路径中没有空格。在macOS上，至少cmdArgs[match]返回类似于/base/some~+~dir~+~with~+~whitespace/的结果/base/some\ dir\ with\ whitespace/。

我通过在返回之前用简单的空格替换“〜+〜”来解决此问题。

thisFile <- function() {
  cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  needle <- "--file="
  match <- grep(needle, cmdArgs)
  if (length(match) > 0) {
    # Rscript
    path <- cmdArgs[match]
    path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
    return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
  }
}

显然，您仍然可以像aprstar一样扩展else块。

如果foo.R知道脚本的路径位置而不是脚本，如果可以更改代码以始终引用source同一路径中的所有路径，root则可能会有很大帮助：

• https://github.com/r-lib/rprojroot 或https://rprojroot.r-lib.org/
• https://here.r-lib.org/

给定

• /app/deeply/nested/foo.R
• /app/other.R

这会工作

#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))

有关如何定义项目根目录，请参见https://rprojroot.r-lib.org/。

#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")

# sad workaround but works :(
programDir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
source(paste(programDir,"other.R",sep='/'))
source(paste(programDir,"other-than-other.R",sep='/'))

令人惊讶的是，R中没有'$ 0'类型结构！您可以通过对用R编写的bash脚本进行system（）调用来实现：

write.table(c("readlink -e $0"), file="scriptpath.sh",col=F, row=F, quote=F)
thisscript <- system("sh scriptpath.sh", intern = TRUE)

然后只需将scriptpath.sh名称拆分为other.R

splitstr <- rev(strsplit(thisscript, "\\/")[[1]])
otherscript <- paste0(paste(rev(splitstr[2:length(splitstr)]),collapse="/"),"/other.R")

通过查看调用堆栈，我们可以获取每个正在执行的脚本的文件路径，其中最有用的两个可能是当前正在执行的脚本，或者是第一个要获取资源的脚本（输入）。

script.dir.executing = (function() return( if(length(sys.parents())==1) getwd() else dirname( Filter(is.character,lapply(rev(sys.frames()),function(x) x$ofile))[[1]] ) ))()

script.dir.entry = (function() return( if(length(sys.parents())==1) getwd() else dirname(sys.frame(1)$ofile) ))()