Questions tagged «r»

我想将样本大小值与绘图上的点相关联。我可以geom_text用来将数字定位在点附近，但这很混乱。将它们沿着地块的外部边缘对齐会更清洁。 例如，我有： df=data.frame(y=c("cat1","cat2","cat3"),x=c(12,10,14),n=c(5,15,20)) ggplot(df,aes(x=x,y=y,label=n))+geom_point()+geom_text(size=8,hjust=-0.5) 产生此图： 我更喜欢这样的东西： 我知道我可以创建第二个图并使用grid.arrange（la la post），但是确定textGrobs的间距与y轴对齐将很繁琐。有没有更简单的方法可以做到这一点？谢谢！

73 r  annotations  ggplot2 

我希望（1）将数据按一个变量（）分组State，（2）在每个组中找到另一个变量（Employees）的最小值行，以及（3）提取整行。 （1）和（2）是简单的一线客，我觉得（3）也是，但我无法理解。 这是一个示例数据集： > data State Company Employees 1 AK A 82 2 AK B 104 3 AK C 37 4 AK D 24 5 RI E 19 6 RI F 118 7 RI G 88 8 RI H 42 data <- structure(list(State = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, …

73 r  dplyr  data.table  aggregate 

是否存在连接路径的现有功能？ 我知道实现起来并不难，但是...除了要注意尾部/（或\），我还需要注意适当的OS路径格式检测（即，我们写C:\dir\file还是/dir/file）。 正如我所说，我相信我知道如何执行它；问题是：我应该这样做吗？该功能已存在于现有R包中吗？

73 r  path  concatenation 

我需要加载到R包：tseries和chron 两者都有一个名为is.weekend的函数 在我的环境中，我始终具有我加载的第二个软件包中的函数。 我怎样才能总是从chron访问函数？

73 function  r  packages  conflict 

下载Rcpp软件包时出现此错误： > install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE) Installing package(s) into ‘/home/me/src/Rlibs’ (as ‘lib’ is unspecified) trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.10.2.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 2380089 bytes (2.3 Mb) ... Warning in dir.create(lockdir, recursive = TRUE) : cannot create dir '/home', reason 'Permission denied' ERROR: failed to create lock directory ‘/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp’ ... 由于我的计算机位于计算机群集上，因此我已经在不同的节点上进行了尝试，并且小心删除了在/ tmp中下载的临时文件。奇怪的是我有权在/ home / …

73 r  package  rcpp 

我发现了一些有关R中最佳实践，可重复性和工作流程的帖子，例如： 如何提高研究的长期可重复性（尤其是使用R和Sweave） 使用R的可重复研究的完整实质性示例 从代码移动到新机器（可能运行不同的OS）相对简单并且给出相同结果的意义上来说，主要的工作之一就是确保代码的可移植性。 来自Python背景，我习惯了虚拟环境的概念。与所需软件包的简单列表一起使用时，这可以确保安装的软件包和库在任何计算机上都可用，而不会引起太多麻烦。当然，这不能保证-不同的操作系统都有自己的缺点和特点-但这可以为您提供95％的解决方案。 R中是否存在这样的东西？即使它不那么复杂。例如，仅维护必需软件包的纯文本列表以及将安装所有缺失软件包的脚本？ 我即将开始认真使用R，可能与Sweave结合使用，并且理想情况下，我希望以最佳方式开始！感谢您的想法。

73 r  python 

我如何使用管道运算符将管道替换为类似的函数colnames()<-？ 这是我想做的事情： library(dplyr) averages_df <- group_by(mtcars, cyl) %>% summarise(mean(disp), mean(hp)) colnames(averages_df) <- c("cyl", "disp_mean", "hp_mean") averages_df # Source: local data frame [3 x 3] # # cyl disp_mean hp_mean # 1 4 105.1364 82.63636 # 2 6 183.3143 122.28571 # 3 8 353.1000 209.21429 但理想情况下，它将是这样的： averages_df <- group_by(mtcars, cyl) %>% …

73 r  dplyr  magrittr 

我有一个带有这样的数字条目的数据框 test <- data.frame(x = c(26, 21, 20), y = c(34, 29, 28)) 如何获得以下向量？ > 26, 34, 21, 29, 20, 28 我可以使用以下方法获得它，但我想应该有一种更优雅的方法 X <- test[1, ] for (i in 2:dim(test)[ 1 ]){ X <- cbind(X, test[i, ]) }

72 r  dataframe  vector  r-faq 

已关闭。这个问题需要细节或说明。它当前不接受答案。 想改善这个问题吗？添加详细信息并通过编辑此帖子来澄清问题。 4年前关闭。 改善这个问题 > startsWith('abc', 'a') [1] TRUE > startsWith('abc', 'c') [1] FALSE > endsWith('abc', 'a') [1] FALSE > endsWith('abc', 'c') [1] TRUE

72 python  r  string  startswith  ends-with 

我有一个matrix包含25列和23行的数字，以及一个长度为25的向量。如何在不使用a的情况下将矩阵的每一行乘以向量for循环的？ 结果应该是25x23的矩阵（与输入大小相同），但是每一行都已乘以向量。 从@hatmatrix的答案中添加了可复制的示例： matrix <- matrix(rep(1:3,each=5),nrow=3,ncol=5,byrow=TRUE) [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [1,] 1 1 1 1 1 [2,] 2 2 2 2 2 [3,] 3 3 3 3 3 vector <- 1:5 所需的输出： [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [1,] 1 2 3 4 5 [2,] 2 4 6 8 10 …

72 r  vector  matrix  multiplication 

我想生成一个具有基本图形和ggplot图形组合的图形。以下代码使用R的基本绘图功能显示了我的身影： t <- c(1:(24*14)) P <- 24 A <- 10 y <- A*sin(2*pi*t/P)+20 par(mfrow=c(2,2)) plot(y,type = "l",xlab = "Time (hours)",ylab = "Amplitude",main = "Time series") acf(y,main = "Autocorrelation",xlab = "Lag (hours)", ylab = "ACF") spectrum(y,method = "ar",main = "Spectral density function", xlab = "Frequency (cycles per hour)",ylab = "Spectrum") require(biwavelet) …

72 r  plot  ggplot2  base  biwavelet 

我经常在专业环境下用R编程，也为客户或同事编写程序包。这里的一些程序员具有Java背景，并坚持使用S4方法以面向对象的方式进行所有操作。另一方面，我的经验是，在尝试使代码执行您想要执行的操作时，S4实现通常会执行得更糟，并且导致更多的麻烦。 我绝对同意，在某些情况下，您必须能够以受控的方式构造复杂的对象或追加现有对象。但是在大多数情况下，也可以使用经典列表轻松完成S4实现，而无需像定义standardGeneric，方法，构造函数，初始化程序之类的麻烦。 您何时考虑为R编写S4实现？ 编辑：为清楚起见，我确实很欣赏R中有关OO的答案和讨论。OOP可以在R中以多种方式完成，但我的问题确实是针对使用S4方法的附加价值。

72 oop  r  methods  s4 

我试图找到一种简单的方法来在R中使用Perl的哈希函数（本质上是缓存），因为我打算同时进行Perl样式的哈希并编写自己的计算备忘录。但是，其他人却打败了我，并准备了备忘录。挖掘的越多，我发现的就越多，例如memoise和R.cache，但差异尚不明确。此外，除了使用该hash包之外，还不清楚如何获得Perl风格的哈希（或Python风格的字典）并编写自己的备忘录，这似乎并不能支撑这两个备忘录包。 由于我找不到有关CRAN或其他地方的信息来区分这些选项，因此这也许应该是关于SO的社区Wiki问题：R中用于记忆和缓存的选项是什么，它们之间有什么区别？ 作为比较的基础，这是我找到的选项的列表。另外，在我看来，所有这些都依赖于哈希，因此我还要注意哈希选项。密钥/值存储在某种程度上是相关的，但是它打开了大量有关DB系统的蠕虫（例如BerkeleyDB，Redis，MemcacheDB以及许多其他蠕虫）。 看起来这些选项是： 散列 摘要-为任意R对象提供哈希。 记忆化 memoise-一个非常简单的功能记忆工具。 R.cache-提供更多用于记忆的功能，尽管似乎其中一些功能缺少示例。 快取 hash-提供类似于Perl的hash和Python字典的缓存功能。 键/值存储 这些是R对象的外部存储的基本选项。 藏匿者 文件哈希 检查点 缓存器-这似乎更类似于检查点。 CodeDepends-一个OmegaHat项目，可作为基础cacher并提供一些有用的功能。 DMTCP（不是R包）-似乎支持多种语言的检查点，并且开发人员最近寻求协助来测试R中的DMTCP检查点。 其他 Base R支持：命名向量和列表，数据框的行和列名称以及环境中的项目名称。在我看来，使用列表有点麻烦。（也有pairlist，但已弃用。） 所述data.table包支持在一个数据表元素的快速查找。 用例 尽管我对了解这些选项最感兴趣，但是我有两个基本用例： 缓存：简单的字符串计数。[注意：这不是用于NLP，而是用于一般用途，因此NLP库是过大的；表是不够的，因为我不想等到整个字符串集都加载到内存中后再进行操作。Perl样式的哈希值在实用程序中是正确的。] 记忆巨大的计算。 之所以会出现这些问题，是因为我正在研究一些简单的代码概要分析，并且我真的很想只计算简单的字符串，看看是否可以通过记忆来加快一些计算。即使我不做备忘录，也能够对输入值进行哈希处理，这会让我看看备忘录是否有帮助。 注意1：“可再生性研究的CRAN任务视图”列出了几个软件包（cacher和R.cache），但未详细说明用法选项。 注意2：为了帮助其他人查找相关代码，这里有一些作者或软件包的注意事项。有些作者使用SO。:) Dirk Eddelbuettel：digest-许多其他软件包都依赖于此。 罗杰·彭：cacher，filehash，stashR-以不同的方式，这些地址不同的问题; 有关更多软件包，请参见Roger的网站。 Christopher Brown：hash-似乎是一个有用的软件包，但不幸的是，与ODG的链接断开了。 亨里克·本格森（Henrik Bengtsson）：R.cache＆哈德利·威克姆（Hadley Wickham）：memoise-目前尚不清楚何时偏爱另一种包装。 注意3：有些人使用备忘录/记忆，其他人使用备忘录/记忆。如果您在四处搜寻，请注意。Henrik使用“ z”，Hadley使用“ s”。

72 r  caching  hash  memoization  memoise 

一位学生问我是否可以使用R重新创建类似于下面的图： 这是从 本文开始的。 这种东西不是我的专长，但是使用以下代码，我可以创建95％CI椭圆并使用绘制它们geom_polygon()。我使用该rphylopic软件包将我从系谱库中抓取的图像填充到图像中。 #example data/ellipses set.seed(101) n <- 1000 x1 <- rnorm(n, mean=2) y1 <- 1.75 + 0.4*x1 + rnorm(n) df <- data.frame(x=x1, y=y1, group="A") x2 <- rnorm(n, mean=8) y2 <- 0.7*x2 + 2 + rnorm(n) df <- rbind(df, data.frame(x=x2, y=y2, group="B")) x3 <- rnorm(n, mean=6) y3 <- x3 …

72 r  ggplot2 

我刚开始使用R，并且遇到了data.table。我发现它很棒。 一个非常幼稚的问题：我可以忽略data.frame来使用data.table以避免两个软件包之间的语法混淆吗？

72 r  dataframe  data.table