我的背景是基因组学，但是最近我一直在研究与蛋白质结构有关的问题。我用C语言编写了一些相关程序，在此过程中从头开始构建了自己的PDB文件解析器。我不担心制作一个真正强大的解析器，我只是知道自己构建一个将是迫使自己真正理解PDB格式的最佳方法。
现在，我已经完成了这个过程，我正在寻找更坚固和成熟的东西。是否在C中实现了任何开源蛋白质结构库？我可以在Google上找到一些，但我以前从未听说过，而且它们似乎还不太成熟或稳定。一个稍微相关的问题：是否每个人都真的使用Python进行所有这些类型的计算吗？或自制代码？
PS。我本质上是在寻找一个包含PDB文件解析器，用于计算键角，键长，扭转角，表面可访问表面积等的函数的库。
Answers:
有一个相当成熟的C ++库。这可能与您将要接触C的程度差不多。我本人尚未找到任何可用的C库。您可以使用C ++库，并且仍然可以在C ++代码中使用C编写大部分extern C { }代码。
OpenBabel是C ++，但是它通常用于一般的结构化事物-它的主要重点是在多种格式之间进行转换以及能够读取多种格式。据我所知，它没有能力计算SAS面积。
首先从您的“相关问题”开始：我需要使用Python进行PDB解析，即使为了提高速度也需要使用某种编译语言进行后续处理。C根本不是解析的好语言，尤其是对于像PDB这样的凌乱格式而言更是如此。这可能就是为什么C中没有任何稳定成熟的PDB解析器的原因。
假设您的目标是使用PDB中的结构，您可以考虑使用mmCIF格式而不是PDB格式。mmCIF更规则，因此更易于解析。从PDB条目的mmCIF版本获得的可解析信息也比从PDB版本获得的更多。您可以在PDB网站（称为CIFPARSE）上找到mmCIF的C解析器，尽管您会注意到它的开发已被放弃，而支持C ++重写CIFPARSE-OBJ。
我知道这是关于C的，但是使用GLGRAPHICS库有一个很棒的方法，该库在Processing（一个具有c ++语法的基于Java的框架）中实现OPENGL。无论您使用哪种语言，OpenGL基本上都是相同的，因此Java不应在性能上造成太大差异。无论如何，GLGRAPHICS库带有一个pdb查看器，它可以直接使用。它的超级易于调整，并且Processing论坛拥有大量响应者。这可能是一个很好的起点。
GLGRAPHICS库 http://sourceforge.net/projects/glgraphics/files/glgraphics/1.0/ 请参阅GLGRAPHICS / examples / PDBview
最后，您可能想看看这个（3d较少但仍然很酷的示例）http://www.mydisk.se/tgn380/webpage/RECEPTOR/
虽然这可能不是该软件的预期用途，但我发现VMD源代码中的解析器和常规蛋白质结构处理方法既强大又全面。
VMD是一种开源分子可视化工具。在适当的时候进行扩展是相对容易的，否则可以从中蚕食代码。
使用开源（经BSD许可）的chemkit库，可以在C ++中轻松读取和处理PDB文件。
作为示例，以下代码将读取PDB文件中的血红蛋白（PDB ID：2DHB），并打印出原子总数，链数和溶剂可及表面积：
#include <iostream>
#include <chemkit/polymer.h>
#include <chemkit/polymerfile.h>
#include <chemkit/molecularsurface.h>
using namespace chemkit;
int main()
{
PolymerFile file("2DHB.pdb");
bool ok = file.read();
if(!ok){
std::cerr << "Failed to read file: " << file.errorString() << std::endl;
return -1;
}
Polymer *protein = file.polymer();
if(!protein){
std::cerr << "File is empty." << std::endl;
return -1;
}
std::cout << "Number of Atoms: " << protein->atomCount() << std::endl;
std::cout << "Number of Chains: " << protein->chainCount() << std::endl;
MolecularSurface surface(protein);
surface.setSurfaceType(MolecularSurface::SolventAccessible);
std::cout << "Surface Area: " << surface.surfaceArea() << " A^2" << std::endl;
return 0;
}输出：
Number of Atoms: 2201
Number of Chains: 2
Surface Area: 14791 A^2有关更多信息，请参见上述类的文档：