Perl是什么使它在生物信息学中如此有用？为什么C ++，Matlab或Python并不是主流语言？

使Perl对生物信息学如此有用的原因是：1）它是一种相对容易学习的语言，2）有很多预先存在的脚本可供使用，包括bioPerl，以及3）机会是您从事的实验室拥有数百个脚本和模块，已用Perl编写。

程序员的水平与语言的选择无关，而与语言的选择有关。通常，任何高级或计算昂贵的作业都用Java或C编写，并在集群上运行。

关于生物信息学，要了解的一件事是，它是一个多元化的领域，要求实践它的人承担各种任务。在一天之内使用Perl，R和Java对我来说并不罕见。Perl用于编写脚本，移动文件，下载文件，进行一些基本的数据分析等，R用于数据可视化，而Java用于算法计算/与应用程序进行修改。话虽这么说，我确实需要执行大多数任务，但是，我想切换到Ruby，因为它具有更高级的功能，lambda和procs，可以导致更简洁的代码并且完全面向对象。

除了Perl的固有优点之外，其中的一部分还只是历史。由于人类基因组计划，本世纪初，生物信息学有了重大发展。当时的Perl是迄今为止最流行的脚本语言的一般使用。Ruby和Python肯定存在，但几乎没有今天提供的支持/帮助。这给Perl带来了很多动力。

我认为Perl在生物信息学中的使用正在减少，并且R的受欢迎程度正在迅速增加。但是对于您想命名的任何语言，您都可以找到使用它的生物信息学实验室。

我将在此处添加一个答案，因为我认为其中许多人错过了关键点...

Perl在生物信息学中很流行，因为它最初是一种文本处理语言。

文字为王

Perl使您轻松：

• 实施NLP和生物信息学算法，
• 提取文本数据，
• 生成文本数据。

语言还不错（一半）

它还具有以下优点：

• 一个像样的表现，
• 相对较低的学习曲线 （直到您发现所有的花招和技巧），
• 而且表现还不错。

尽管它不允许创建像C语言一样快的处理程序，但是开发时间却很短，并且在处理文本时还附带电池（功能强大的正则表达式，有人吗？），因此很容易以在实验室环境中使用并解决这些任务。

便携性和可扩展性变得容易

同样，它显然也：

• 是在许多平台之间移植，
• 带有很大的扩展库。

但是，首先为Perl提供如此多的生物信息学（通常是科学的）扩展和模块的原因是由于上述原因。在很多情况下，该语言的设计和能力使其非常适合该工作（尽管可能有很多怨恨可能阻碍它）。

所有这些使Perl成为科学研究的有力竞争者，尤其是在要处理的数据大部分为文本格式的领域。

当然，其他语言也出现了，并且由于不同的原因而占有市场份额（增强的表达能力，更好的可读性，明确地避免晦涩的hack和粗俗的单一语言……），但是它们仍然在某些方面与Perl竞争（Ruby是（例如，学习速度和处理数据的速度一样慢）。因此，在生物信息学（或NLP）领域中，您需要处理文本格式，快速的研究周期以及越来越多的大数据（感谢您，基因组学和NGS），Perl仍然非常重要。

实际上，只是注意到了maple_shaft，Charles和geoffjentry的评论，它们也提到了正则表达式的重要性，因此并非所有人都忽略了这一点。:)

Perl在生物信息学中受欢迎的主要原因之一是BioPerl，它是用于处理相关数据的一套全面的模块。

它看起来像大多数模块的实际设计工作与其他程序产生的数据。毕竟，Perl可以提供出色的报告胶带。

根据操作员的技术水平和易用性来选择工具-编译后的程序或IDE可能需要一段时间才能超越简单的解释语言。

Perl有一些严重的问题，严重的文档，严重的库和广泛的免费可用性。什么都不喜欢呢？

Perl具有与其他语言相同的功能，数据构造和方法，并且比大多数语言更容易学习。这对不具备编程经验的研究人员和科学家非常有用，因为他们可以轻松掌握Perl并完成所需的任务

另外：

提供大量在线支持和免费脚本，这显然是有利的！=）

总而言之，大多数科学家和研究人员只是想把工作做好，并且尽快完成，Perl非常适合完成这项工作。