DNA测序仪的问题


11

我最近获得了MinION USB基因组(DNA)测序仪,令我感到失望的是,它似乎无法在Ubuntu中正常工作。

我正在使用Ubuntu的12.04版本。随其附带的脚本/驱动程序可以正确地检测到音序器,但似乎无法检测到样本。

我附上了该过程的屏幕截图。任何帮助将不胜感激!

在此处输入图片说明


1
尝试运行脚本/样品收集程序作为根与gksu
纳法

设备是否在/ var / log / syslog上抛出一些有用的消息?
基督教徒

Answers:


2

看到脚本正确检测到该设备,您的问题似乎更多是在基因测序仪方面,而不是Ubuntu问题。是否有其他实用程序可让您与音序器进行任何其他功能(例如校准例程)的通信?如果Ubuntu可以与机器通信并使其执行其他操作,那么我希望问题出在基因测序仪上,而不是计算机上。如果有可用的软件,另一种可能的测试是尝试使用其他操作系统。最后,请确保您的音序器具有最新固件,并且要用于连接的软件是最新的。


我将要考虑的另一件事是,从shell运行它可能不会充分利用优先级。这是牛津纳米孔测序仪,需要完全认证才能将其允许进入其网格。他没有足够的信息来运行和访问示例-这就是我的想法。
all4naija 2012年

这是一个独立的DNA测序仪。它的接口很可能是提供的脚本正在与之交谈的普通USB串行端口适配器-似乎工作正常。我同意问题可能出在音序器的末尾,而不是计算机的接口。GridION不是“云计算”平台,它是大型工作的并行基因测序仪阵列。
阿德里安


1

一个大胆的猜测:这可能是权限问题吗?当以普通用户身份运行时,某些设备可以执行某些操作,但是需要root特权才能执行其他操作。因此,您可以尝试sudo ./gseq看看是否有帮助。如果这样做有帮助,但是您不想一直运行root,则可以跟踪设备文件并更改其权限,以使用自己的普通帐户访问设备。这可能涉及创建udev规则。我不会在这里讨论这个问题,因为这种解决方案需要花费很长时间。


0

设备的6小时使用寿命是否已超过?似乎更多是设备错误或过程问题。Minion技术支持可能应该是您解决此问题的主要联系人,因为看来程序正在与设备通信。

克里斯

By using our site, you acknowledge that you have read and understand our Cookie Policy and Privacy Policy.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.