最近,我了解了最短超弦问题的贪婪猜想。
在这个问题中,我们得到了一组串我们要找到最短的超弦理论 即,使得每个出现的一个子。
这个问题是NP难题,经过长时间的论文研究之后,这个问题的最著名近似算法的比率为 [Paluch '14]。
在实践中,生物学家使用以下Greedy算法:
在每个步骤中,合并两个在所有对上具有最大重叠量的字符串(最大后缀是另一个字符串的前缀),然后在这个新实例上重复该操作,直到只剩下一个字符串(这是所有输入字符串的超字符串) )
可以从输入c (a b )k,(b a )k,(a b )k c获得该贪婪算法的近似比的下限。
有趣的是,可以推测这是最坏的例子,即贪婪对最短超弦问题实现了逼近。看到如此自然而又简单的算法如此难以分析,我感到非常惊讶。
是否有任何直觉,事实,观察结果,例子说明了这个问题为何具有挑战性?
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原因之一可能是问题的标准图表示形式(例如Monge和Triple不等式)的已知特性不足以证明贪婪猜想。参见,例如Laube,Weinard,“条件不等式和最短的常见超弦问题”,和Weinard,Schnitger,“关于贪婪的超弦猜想”。
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Alex Golovnev
@AlexGolovnev:似乎对我来说是一个很好的答案!
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约书亚·格罗肖
@JoshuaGrochow:谢谢!我现在将其扩展为一个答案。
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Alex Golovnev