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不可以，无法重新加载修改后的配置，并使Emacs表现得好像在加载Emacs时已经进行了这些修改。简而言之，Emacs软件包为此拥有太多的自由。
您提到有些主要模式无法进行配置更改。造成这种情况的可能原因是，启用该模式会根据某些选项的当前值设置一些缓冲区局部变量。如果不在使用它的每个缓冲区中重新启用这种模式，则不会拾取所有更改。即使那样，某些事情仍然很有可能保持不变。当使用custom-set-variables表单自定义选项时，这种工作的几率更高，但是必须为每个选项显式实现。到目前为止，我们仅讨论了主要模式及其选择...
您可以尝试实施命令以重新启用每个缓冲区的主模式。但是不太可能完全启用所有更改，更糟的是它将禁用您手动启用的所有次要模式，并丢失所有其他状态。
出于这个原因，我什至建议eval-buffer您完全不要对您的init文件进行操作，以获取尽可能多的更改。使用分别评估更改的设置eval-last-sexp，如果这样做不起作用，那么您必须重新启动Emacs。
关闭Emacs时如何保存状态是一个不同的问题，应单独询问。