Questions tagged «computational-biology»

我的背景是基因组学，但是最近我一直在研究与蛋白质结构有关的问题。我用C语言编写了一些相关程序，在此过程中从头开始构建了自己的PDB文件解析器。我不担心制作一个真正强大的解析器，我只是知道自己构建一个将是迫使自己真正理解PDB格式的最佳方法。 现在，我已经完成了这个过程，我正在寻找更坚固和成熟的东西。是否在C中实现了任何开源蛋白质结构库？我可以在Google上找到一些，但我以前从未听说过，而且它们似乎还不太成熟或稳定。一个稍微相关的问题：是否每个人都真的使用Python进行所有这些类型的计算吗？或自制代码？ PS。我本质上是在寻找一个包含PDB文件解析器，用于计算键角，键长，扭转角，表面可访问表面积等的函数的库。

17 computational-biology  pdb  c 

我在数学生物学/流行病学方面投入了大量精力，其中大多数建模/计算科学工作仍由ODE集所主导，当然，有时它们是相当复杂的。这些模型的优点之一是它们很容易描述和复制。参数值表，方程式本身以及您已经给了他们所需的一切，以便他们以自己喜欢的任何方式来复制研究。 但是有些更复杂的模型已经开始变得越来越流行。基于代理的模式，特别是似乎都很难在出版物来形容，且难以复制的，因为他们并不一定完全由一组微分方程描述。在以读者理解发生的事情并使它们相对易于复制的方式描述这些模型之后，是否有任何指南（或仅有实践经验）？

14 ode  computational-biology 

我一直在尝试制作组织层的生物学上精确的2D空间模型，其中会发生不同的生理过程。这主要包括化学反应，扩散和边界上的通量。 我正在COMSOL Multiphysics中建立此模型，COMSOL Multiphysics是一个有限元软件包，可以解决诸如反应扩散系统之类的不同物理问题，尽管对我来说，这可能并不重要。 在我的几何图形中，组织层的细胞之间确实有很小的区域。这些区域用作开口，在这些开口中，单元（接合点）之间会发生扩散。这里的网格质量不是很好，如果我想提高质量（主要是通过引入更多元素等），我的仿真时间会大大增加。质量较低的网格也将导致收敛花费更长的时间。我添加了几何图形以给出想法。我尝试了不同的网格，所有网格的元素质量不同，元素数量从16000到50000。 我在FEM中的背景确实很有限，我想知道我是否可以通过以下方式解决此问题： 不会对生物学产生负面影响（保持组织域大小/问题等在生物学上尽可能准确）， 不会大幅增加仿真时间， 提供更好的网格质量。所以我真的很想知道最好的方法是什么，因为我已经想到了一些事情。 因此，我可以使用质量较低的网格物体（这不是很差，但也不是很好），这样我就可以保留较小的区域以获得最佳的生物学准确性，并且计算时间相对较短（希望我不会遇到收敛误差）。但是，例如，也许有一些我可能错过的可能性：是否有可能使小区域变大，然后在扩散率中添加某种因素。换句话说，如果我想将域设为两倍大，我是否会将扩散速率乘以一半？这在化学/物理定律上是否准确： 希望我将问题弄清楚了，并在此先感谢您的帮助。 干杯，

10 finite-element  comsol  computational-biology 

作为疾病传播数学模型的一部分，我有一个常微分方程组-7个方程组，以及控制它们行为的〜30个参数。我想找到稳定状态对于那些公式更改dx/dt = rest of the equation到0 = equation每个方程式使得一个简单的代数问题。这可以手工完成，但是我对这种计算却很可惜。 我试过使用Mathematica，它可以处理此问题的较小版本（请参阅此处），但是Mathematica正在解决该问题。有没有更有效的方法来解决这个问题？更有效的符号数学系统？还有其他建议吗？ 一些更新（3月21日）： 目标的确是以符号方式解决它们-数字答案很好，但目前最终目标是符号形式。 至少有一个平衡。我实际上并没有坐下来证明这一点，但是从设计上讲，它应该至少有一个琐碎的东西，一开始就没有人被感染。可能没有什么，除了这一点，但将让我的内容别的。 以下是正在讨论的实际方程组。 总之，我正在寻找7个变量组成的7个二次方程组的解的符号表达式。

9 ode  symbolic-computation  computational-biology