Questions tagged «publications»

科学计算领域的学术论文（以及如今的许多其他领域）通常包含大量代码或什至是为该论文专门编写的或用于在论文中获得结果的整个软件包。帮助论文读者访问代码的最佳方法是什么？我当前的方法是在论文或引文中添加指向Github存储库的链接（以及特定的版本标签）。

40 publications 

软件是计算科学的基础部分，并且日益被视为科学记录的必要部分。鉴于使用现有代码和经过良好测试的代码的价值，似乎有必要尽可能广泛地交流有用代码的存在并赞扬其创建者。在学术环境中，这意味着发表一些主要针对软件的论文。 谁可以在哪里发表主要着眼于计算软件的学术著作？完全清楚地说，我指的是可能不包含任何新的数学，算法等的作品-它们实际上专注于软件。 我也想听听那些向这些期刊提交过此类论文的人的来信，他们的经历是什么样的，以及他们推荐的场所。 给出的答案摘要： 数学软件交易 科学编程 SIAM科学计算期刊（SISC）软件部分 数值软件档案 开放式研究计算 计算机物理通讯 工程软件的进步 统计软件杂志 化学理论与计算杂志 生物学和医学的源代码 一号 国际量子化学杂志 流行病学 科学与工程计算 计算化学 地球科学模型开发 机器学习研究杂志 数学编程计算 开源软件杂志

35 software  publications 

过去，《计算物理学杂志》一直是计算科学的重要刊物，而我之前曾在那发表。为了使那些（如我）签署了Elsevier抵制的人的利益，什么样的非Elsevier期刊才是发布本来可以提交给《计算物理学杂志》的文章的合适场所？ 一个好的选择应该是： 与JCP的主题重叠（至少部分重叠） 拥有良好的声誉 不会由爱思唯尔发布 注意：当我说“声誉”时，我并不是说影响因素。请参阅这篇文章，证明这两者在该领域没有很好的相关性。

29 publications 

可重复性在计算科学研究中变得越来越重要。（例如，请参见《科学》杂志的Roger Peng的这篇文章；我也知道其他此类文章和网站。）但是，我不清楚我应该在期刊文章（或在线文章）中包含多少信息来制作我的计算研究具有可重复性（假设没有其他障碍，例如知识产权协议）。是否有任何指南，如果没有，人们是否可以建议研究人员应采取哪些步骤来使他们的计算科学研究可重复？ 答案中特别有用的是实现这些建议的可能方法-从根本上说，工作流。最好是与系统无关或基于Linux的工作流。此外，讨论您所经历的任何相关个人经历也将有所帮助。 在我的特殊情况下，我正在写一篇理论论文，其中包含一些示例计算，这些计算很简单，可以在MATLAB中完成。我认为，在这种情况下，包括MATLAB脚本，并注意计算机上特定版本的MATLAB，足以确保可重复性。但是，我敢肯定还有更复杂的场景，有关如何进行可重复研究的建议对于将来的项目很有帮助。

23 software  publications  documentation  reproducibility 

可重复进行的计算研究旨在使计算论文中生成结果所需的代码可供其他研究人员使用，以便他们可以运行此代码以在该论文中复制结果。我想提出我的研究可重复的，但我快到有点障碍的：一对夫妇的论文，我就利用工作的内部自动分化包（称为DAEPACK一种专有库）（CHEMKIN- II；许可条款不清楚）。 用开源版本替换这些软件组件将非常耗时。已经存在CHEMKIN-II的开源替代品，名为Cantera，但Cantera使用C ++，而CHEMKIN-II使用Fortran77。这将需要大量的精力来修改足够的Cantera代码，以便可以自动处理它。 C ++的差异化工具。 鉴于我需要这些专有软件包，假设研究人员可能无法使用CHEMKIN-II，那么使我的研究尽可能可重复的最佳方法是什么？由于DAEPACK是一个源到源的翻译器，因此我不必分发DAEPACK。我也许可以包含其输出，该输出将是计算派生的Fortran源文件。 更一般而言，如果您在工作中需要专有软件，并且专有软件不广泛使用（例如，MATLAB，Mathematica等不是），那么如何使您的工作可再现？

19 software  publications  documentation  reproducibility 

假设我有一些代码的慢速版本和快速版本，并想报告比较两者的加速值。我运行慢速版本次，快速版本m次，产生时间（s 1，… ，s n）和（f 1，… ，f m）。产生加速的最简单方法是平均的手段： ˉ 小号ñnn米mm（s1个，… ，sñ）(s1,…,sn)(s_1, \ldots, s_n)（f1个，… ，f米）(f1,…,fm)(f_1, \ldots, f_m) 然而，这并未考虑离群值。s¯F¯= m ∑我&lt; ns一世n ∑Ĵ &lt; 米FĴs¯f¯=m∑i&lt;nsin∑j&lt;mfj\frac{\bar{s}}{\bar{f}} = \frac{m \sum_{i<n} s_i}{n \sum_{j<m} f_j} 问题：报告加速数字时使用的最佳统计数据是什么？

12 statistics  publications 

是否有已发布的最佳实践清单，以确保代码的使用寿命，并着眼于可重复的科学结果？（例如，开源，文档做法，选择依赖项，选择语言，虚拟机等）。 了解任何试图估计典型科学代码或其他软件的半衰期的研究（或缺乏示例/注释）（如果这是一个合理的问题？）

11 software  publications  reproducibility 

我现在正在使用Matlab生成1d和2d图像，以比较给定模型的准确性。我需要将我的方法与标准高斯.wfn模型进行比较，然后通过分析分子和拉普拉斯算子的密度来做到这一点。 我对产生近似于.wfn近似的二维图像（可能通过轮廓图？）感兴趣，并且对沿着键路径和两个原子之间的直线的性质（密度，拉普拉斯等）感兴趣。 如前所述，我目前正在使用Matlab生成图像，尽管这些图像主要用于我和我的同事。它们似乎不是我在论文和其他出版物中经常看到的图像类型。 我应该使用（或他人使用）哪种软件来生成具有出版物质量的图形和图像？

11 matlab  computational-chemistry  publications 

（我希望这个问题适合该网站；否则，请接受我的歉意）。 我进行了一定的模拟，得到了一个时间序列y（t），t = 0，1，...20。尝试了一些函数之后，我发现： y(t) =~ 1 / (A t + B) 其中A和B是我使用线性回归计算的系数，R ^ 2&gt; 0.99。 在科学论文中报告此类结果的标准方法是什么？特别： 答：我没有理论上的解释，为什么输出看起来像这样（我知道它应该在减少，并且它是从下面限制的，但没有更多）。这只是一个成功的猜测。我应该描述我尝试过的所有其他不成功的猜测吗？ B.每当我运行模拟时，我得到的A和B值都会略有不同。我应该只是报告一次随机运行，还是应该多次运行模拟并对结果求平均值？如果是这样，多少次就足够了？

11 regression  publications 

我用数字方法解决了许多PDE，但是应用数学不是我的专长。为了跟上该领域的最新发展，我还没有读过哪些应用数学期刊。 哪些最新期刊值得阅读，以跟上数字求解PDE的最新发展？

10 pde  publications 

我听说有些期刊被评为比其他期刊更高。这是真的？如果是这样，评判一个同行评审期刊相对于另一期刊的价值是什么？我如何找到它的等级？如果我的出版物被知名度低于SIAM评论的期刊接受，那么它的“价值”会降低吗？

9 publications