Questions tagged «jags»

“ JAGS只是另一个Gibbs采样器。它是使用马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)模拟分析贝叶斯层次模型的程序,与BUGS完全不同。” (http://mcmc-jags.sourceforge.net/)

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R中的离散时间事件历史(生存)模型
我正在尝试在R中拟合离散时间模型,但不确定如何执行。 我读过您可以将因变量组织在不同的行中,每个时间观察行一个,并将该glm函数与logit或cloglog链接一起使用。从这个意义上讲,我有三列:ID,Event(在每个时间范围内为1或0)和Time Elapsed(自观察开始以来)以及其他协变量。 如何编写适合模型的代码?哪个因变量?我想我可以将其Event用作因变量,并将其包括Time Elapsed在协变量中。但是,会发生什么ID呢?我需要吗? 谢谢。
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JAGS中的响应变量中缺少值
Gelman&Hill(2006)说: 在Bug中,只需包含数据向量,NA和所有元素,就可以轻松处理回归中的缺失结果。Bug显式地对结果变量进行建模,因此使用此模型来在每次迭代中估算缺失值是很简单的。 这听起来像是使用JAGS进行预测的简单方法。但是,结果缺失的观察结果也会影响参数估计吗?如果是这样,是否有一种简单的方法将这些观测值保留在JAGS看到的数据集中,但又不影响参数估计呢?我当时在考虑cut函数,但这仅在BUGS中可用,而在JAGS中不可用。

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一个骰子有多少面?JAGS中的贝叶斯推断
问题 我想对类似于死边数未知的系统进行一些推断。模具被轧制了几次,然后我想推断出与模具具有的边数θ相对应的参数的概率分布。 直觉 如果在40次滚动后您观察到10个红色,10个蓝色,10个绿色和10个黄色,似乎θ应该在4处达到峰值,并且每侧滚动的偏差都是以1/4为中心的分布。 θ有一个很小的下限,即在数据中观察到的不同边的数量。 上限仍然未知。可能存在第五个方面,可能具有较低的偏见。您观察到的缺少第五类的数据越多,θ= 4的后验概率越高。 方法 我已经使用JAGS解决了类似的问题(通过R和rjags),这在这里似乎很合适。 关于数据,可以说obs <- c(10, 10, 10, 10)对应于以上示例中的观察结果。 我认为观测值应该用多项式分布建模obs ~ dmulti(p, n),其中p ~ ddirch(alpha)和n <- length(obs)。 θ与所隐含的类别数量相关联alpha,那么如何建模alpha以涵盖不同的可能类别数量? 备择方案? 我对贝叶斯分析还很陌生,因此可能完全是在树错了树,是否有替代模型可以对这个问题提供不同的见解? 非常感谢!大卫

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如何从mcmc.list生成类似于plot.bugs和plot.jags生成的图?[关闭]
关闭。这个问题是题外话。它当前不接受答案。 想改善这个问题吗? 更新问题,使它成为交叉验证的主题。 2年前关闭。 R似乎能够从R2WinBUGS :: bugs和R2jags:jags函数生成的bugs和jags对象中输出漂亮的摘要图。 但是,我正在使用该rjags软件包。当我尝试rjags::coda.samples使用R2WinBUGS::plot.mcmc.list结果绘制函数结果时,是每个参数的诊断图(参数密度,链时间序列,自相关)。 下面是我想制作的绘图类型,来自安德鲁· 盖尔曼( Andrew Gelman)的教程“ R中运行WinBuugs和OpenBugs”。这些是使用制作的plot.pugs。 问题是plot.bugs将一个bugs对象作为参数,而plot.mcmc.list将的输出作为参数coda.samples。 这是一个示例(来自coda.samples): library(rjags) data(LINE) LINE$recompile() LINE.out <- coda.samples(LINE, c("alpha","beta","sigma"), n.iter=1000) plot(LINE.out) 我需要的是 一种生成相似的,信息丰富的一页摘要图的方法,类似于 plot.bugs 将转换LINE.out为bug对象的函数,或者
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