Questions tagged «lme4-nlme»

lme4和nlme是用于拟合线性,广义线性和非线性混合效果模型的R包。对于有关混合模型的一般问题,请使用[mixed-model]标签。

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如何在广义线性混合模型中解释随机效应的方差
在逻辑广义线性混合模型(家庭=二项式)中,我不知道如何解释随机效应方差: Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. HOSPITAL (Intercept) 0.4295 0.6554 Number of obs: 2275, groups: HOSPITAL, 14 我如何解释这个数值结果? 我在一项多中心研究中有一个肾移植患者的样本。我正在测试各中心接受特定抗高血压治疗的患者的机率是否相同。各中心之间接受治疗的患者比例差异很大,但这可能是由于患者基础特征的差异所致。因此,我估算了一个广义线性混合模型(逻辑模型),并调整了患者的主要特征。结果如下: Generalized linear mixed model fit by maximum likelihood ['glmerMod'] Family: binomial ( logit ) Formula: HTATTO ~ AGE + SEX + BMI + INMUNOTTO + log(SCR) + log(PROTEINUR) + (1 …
9 r  lme4-nlme 

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GLMM的Anova III型测试
我正在R包中拟合glmer模型lme4。我正在寻找其中显示p值的方差分析表,但找不到适合它的包装。有可能在R中做到吗? 我适合的模型具有以下形式: model1<-glmer(dmn~period*teethTreated+(1|fullName), family="poisson", data=subset(dataset, group=='Four times a year'), control=glmerControl(optimizer="bobyqa"))

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如何比较观察到的事件与预期的事件?
假设我有一个频率为4个可能的事件的样本: Event1 - 5 E2 - 1 E3 - 0 E4 - 12 并且我具有发生事件的预期概率: p1 - 0.2 p2 - 0.1 p3 - 0.1 p4 - 0.6 利用我四个事件的观测频率之和(18),我可以计算事件的预期频率,对吗? expectedE1 - 18 * 0.2 = 3.6 expectedE2 - 18 * 0.1 = 1.8 expectedE1 - 18 * 0.1 = 1.8 expectedE1 - …
9 r  statistical-significance  chi-squared  multivariate-analysis  exponential  joint-distribution  statistical-significance  self-study  standard-deviation  probability  normal-distribution  spss  interpretation  assumptions  cox-model  reporting  cox-model  statistical-significance  reliability  method-comparison  classification  boosting  ensemble  adaboost  confidence-interval  cross-validation  prediction  prediction-interval  regression  machine-learning  svm  regularization  regression  sampling  survey  probit  matlab  feature-selection  information-theory  mutual-information  time-series  forecasting  simulation  classification  boosting  ensemble  adaboost  normal-distribution  multivariate-analysis  covariance  gini  clustering  text-mining  distance-functions  information-retrieval  similarities  regression  logistic  stata  group-differences  r  anova  confidence-interval  repeated-measures  r  logistic  lme4-nlme  inference  fiducial  kalman-filter  classification  discriminant-analysis  linear-algebra  computing  statistical-significance  time-series  panel-data  missing-data  uncertainty  probability  multivariate-analysis  r  classification  spss  k-means  discriminant-analysis  poisson-distribution  average  r  random-forest  importance  probability  conditional-probability  distributions  standard-deviation  time-series  machine-learning  online  forecasting  r  pca  dataset  data-visualization  bayes  distributions  mathematical-statistics  degrees-of-freedom 

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为什么引入随机斜率效应会增大斜率的SE?
我正在尝试分析Year对特定个体组(我有3个组)的变量logInd的影响。最简单的模型: > fix1 = lm(logInd ~ 0 + Group + Year:Group, data = mydata) > summary(fix1) Call: lm(formula = logInd ~ 0 + Group + Year:Group, data = mydata) Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -5.5835 -0.3543 -0.0024 0.3944 4.7294 Coefficients: Estimate Std. Error t value Pr(>|t|) Group1 4.6395740 0.0466217 …

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我是否正确指定了我的lmer模型?
我搜寻了Google和该站点,但对lme4库中的lmer函数仍然感到困惑。 我从不同的精神病房收集了一些数据,这些数据具有多层次的结构。为简化起见,我将选择两个2级和2个1级变量,尽管实际上我还有几个。 2级-WardSize [这是病房的人数]和WAS [这是病房的“好”程度的一种度量] 告诉R谁在哪个病房中的分组变量称为“ Ward” 一级-性别[很明显是性别]和BSITotal [这是症状严重程度的度量] 结果是自我拒绝,这又是听起来的样子。 我有这个公式: help = lmer(公式= Selfreject〜WardSize + WAS +性别+ BSITotal +(1 | Ward)) 我希望这意味着“每个人的得分都与他们自己的性别和症状的严重程度有关,并且对病房的影响与病房的大小以及病情的“好”程度有关。 它是否正确?使我感到困惑的是,除了最后给出的病房级别截距之外,我看不到R如何分辨哪个是1级和哪个2级变量。 如果有人能解释这个概念,那么像我这样的白痴就可以理解,那就更好了。 非常感谢!

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计算数据的ROC曲线
因此,我进行了16次试验,试图使用汉明距离从生物特征中鉴定一个人。我的阈值设置为3.5。我的数据如下,只有试验1为“真阳性”: Trial Hamming Distance 1 0.34 2 0.37 3 0.34 4 0.29 5 0.55 6 0.47 7 0.47 8 0.32 9 0.39 10 0.45 11 0.42 12 0.37 13 0.66 14 0.39 15 0.44 16 0.39 我的困惑是,我真的不确定如何根据此数据制作ROC曲线(FPR与TPR或FAR与FRR)。哪一个都不重要,但是我只是对如何进行计算感到困惑。任何帮助,将不胜感激。
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