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通过算法的视角看生态与进化
生态学和进化论的研究正变得越来越数学化,但是大多数理论工具似乎都来自物理学。然而,在许多情况下,问题具有非常离散的性质(例如,参见SLBS00),并且可以从计算机科学的角度受益。但是,我知道,TCS仅有少数严肃的结果,试图涉及生态学和进化中的特定问题。我想到的两个方向是: Livnat,A.,Papadimitriou,C.,Dusho,J。,&Feldman,MW [2008]“性别在进化中的作用的可混合性理论” PNAS 105(50):19803-19808。[ pdf ] Valiant,LG [2009] ACM的“演进性”杂志56(1):3。 前者应用了遗传算法分析得出的想法,以表明性和无性生物在适应环境中的行为方式之间存在质的差异,并已采取后续行动,以证明所观察到的模块化是合理的。后者将进化与计算学习理论联系起来,以试图证明可进化性和不可置信性的结果。它影响了一小部分论文,但主要是受到其他计算机科学家的影响。 在这些方面还有其他结果吗?在生物学家研究中,理论计算机科学在理解生态学和进化方面是否有其他深远/重要的应用? 笔记 我对与通用工程相关的遗传或进化算法结果不感兴趣。尽管这是计算机科学中非常有趣和令人兴奋的部分,但生物学家研究的计算机与进化的联系通常是肤浅的。有时(例如在LPDF08中)建立了具体的连接,但是大多数标准结果都没有生物学意义,因此在这篇文章中我对它们不感兴趣。 生物信息学是附近的领域,但它也不是我想要的。尽管它可以用于重建系统进化树之类的事物,从而帮助进化/生态,但理论上的CS方面并没有占据中心地位。在这里,CS结果似乎主要是为了完善一种可以从现有的公认理论中广泛用作黑匣子的工具,而不是建立或扩展新的生物学理论。 我更喜欢使用计算机科学的现代性和非平凡方面来在理论(但仍与生物学家有关)水平上影响生物学的结果。因此,我对柴廷的代谢生物学之类的东西不那么感兴趣。 相关问题 关于遗传算法的可行陈述 社会科学中的算法镜头 算法进化博弈论的来源 量化金融中的计算复杂性