如何使用lmer估计具有随机效应的模型的方差成分并将其与lme结果进行比较
我进行了一项实验,从两个不同的来源人群中抚养了不同的家庭。每个家庭被分配两种治疗方法之一。实验结束后,我测量了每个人的几个特征。为了测试治疗或来源的效果以及它们之间的相互作用,我使用了以家庭为随机因素的线性混合效应模型,即 lme(fixed=Trait~Treatment*Source,random=~1|Family,method="ML") 到目前为止,到目前为止,我现在必须计算相对方差分量,即通过处理或源以及交互作用来解释的变化百分比。 没有随机效应,我可以轻松地使用平方和(SS)来计算每个因素所解释的方差。但是对于混合模型(带有ML估计),没有SS,因此我认为我也可以使用Treatment和Source作为随机效应来估计方差,即 lme(fixed=Trait~1,random=~(Treatment*Source)|Family, method="REML") 但是,在某些情况下,lme无法收敛,因此我使用了lme4软件包中的lmer: lmer(Trait~1+(Treatment*Source|Family),data=DATA) 在哪里使用摘要功能从模型中提取方差: model<-lmer(Trait~1+(Treatment*Source|Family),data=regrexpdat) results<-VarCorr(model) variances<-results[,3] 我得到与VarCorr函数相同的值。然后,我使用这些值以总和作为总变化量来计算实际的变化百分比。 我在努力挣扎的是对初始lme模型(以治疗和来源为固定效应)和随机模型以估计方差成分(以治疗和来源为随机效应)的结果的解释。我发现在大多数情况下,由每个因素解释的方差百分比与固定效应的重要性不符。 例如,对于性状HD,最初的lme暗示了相互作用的趋势以及对治疗的重要性。使用后退程序,我发现“治疗”有接近明显的趋势。但是,在估计方差成分时,我发现Source具有最高的方差,占总方差的26.7%。 LME: anova(lme(fixed=HD~as.factor(Treatment)*as.factor(Source),random=~1|as.factor(Family),method="ML",data=test),type="m") numDF denDF F-value p-value (Intercept) 1 426 0.044523 0.8330 as.factor(Treatment) 1 426 5.935189 0.0153 as.factor(Source) 1 11 0.042662 0.8401 as.factor(Treatment):as.factor(Source) 1 426 3.754112 0.0533 和lmer: summary(lmer(HD~1+(as.factor(Treatment)*as.factor(Source)|Family),data=regrexpdat)) Linear mixed model fit by REML Formula: …