斯坦
我正在浏览Stan文档,可以从此处下载。我对他们实施Gelman-Rubin诊断程序特别感兴趣。最初的论文Gelman&Rubin(1992)定义了潜在的水垢减少因子(PSRF)如下: 令为第个采样的马尔可夫链,并让整个独立的链采样。假设为第链的均值,而为整体均值。定义 其中 并定义Xi,1,…,Xi,NXi,1,…,Xi,NX_{i,1}, \dots , X_{i,N}iiiMMMX¯i⋅X¯i⋅\bar{X}_{i\cdot}iiiX¯⋅⋅X¯⋅⋅\bar{X}_{\cdot \cdot}W=1M∑m=1Ms2m,W=1M∑m=1Msm2,W = \dfrac{1}{M} \sum_{m=1}^{M} {s^2_m}, s2m=1N−1∑t=1N(X¯mt−X¯m⋅)2.sm2=1N−1∑t=1N(X¯mt−X¯m⋅)2.s^2_m = \dfrac{1}{N-1} \sum_{t=1}^{N} (\bar{X}_{m t} - \bar{X}_{m \cdot})^2\,. BBB B=NM−1∑m=1M(X¯m⋅−X¯⋅⋅)2.B=NM−1∑m=1M(X¯m⋅−X¯⋅⋅)2.B = \dfrac{N}{M-1} \sum_{m=1}^{M} (\bar{X}_{m \cdot} - \bar{X}_{\cdot \cdot})^2 \,. 定义 使用估算PSRF ,其中 其中。V^=(N−1N)W+(M+1MN)B.V^=(N−1N)W+(M+1MN)B.\hat{V} = \left(\dfrac{N-1}{N} \right)W + \left( \dfrac{M+1}{MN} \right)B\,. [R= VR^−−√R^\sqrt{\hat{R}}d ˚F = 2 V / …